基于基因组解析和培养方法的猫肠道微生物组图谱，为开发适应宿主的益生菌提供了有力支持

《npj Biofilms and Microbiomes》：Genome-resolved and culture-based atlas of the feline gut microbiome enables host-adapted probiotic development

　　

摘要

家猫（Felis catus）的代谢、免疫和病原体防御依赖于其肠道微生物群，但对其基因组的了解仍然有限。我们结合了大规模的宏基因组学和培养组学技术来研究猫的肠道微生物群，并鉴定出潜在的益生菌。通过对412份猫粪便样本的宏基因组进行分析，获得了2852个基于菌株的宏基因组组装序列（MAGs），这些序列被归类为514个物种级别的分类单元，其中包括106个潜在的新物种。研究结果揭示了24个核心物种和两种肠道类型：ET-P型（以Prevotella为主）和ET-CB型（以Collinsella、Blautia、Bifidobacterium、Ligilactobacillus为主）。基于这些数据的筛选确定了113个潜在的益生菌物种。培养组学技术共分离出2904个菌株，代表110个物种级别的分类单元，其中包括75个潜在的新物种和一个新的属。其中6个来自猫的菌株被选中进行后续测试，其中5个菌株在体外表现出良好的益生菌特性，如耐酸性和耐胆汁性、抗Escherichia coli活性以及促进有益细胞因子产生的作用。在猫因Escherichia coli引起的腹泻模型中，由5种本地菌株组成的混合菌群显著改善了粪便状况，并降低了IL-2、IL-1β和IL-6的水平，其抑制TNF-α的效果优于抗生素或市售益生菌。这些研究结果确立了FelMGDB作为猫肠道微生物组研究资源的价值，并强调了本地益生菌在维护猫肠道健康方面的潜力。

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