在采采蝇（Trypanosoma melophagium）的生长停滞特异性蛋白8（GAS8）结构域中，存在与特定谱系相关的选择信号

《Scientific Reports》：Lineage-specific selection signals in the Growth arrest-specific protein 8 (GAS8) domain protein of Trypanosoma melophagium

　　

摘要

生长停滞特异性蛋白8（GAS8）结构域基因家族（正交群6127at5690）是锥虫属（Trypanosoma）中高度保守的单拷贝同源基因群，适用于基于密码子的进化分析（涵盖10个经过验证的物种）。该基因家族编码一种与微管相关的蛋白质，参与细胞骨架的组织和鞭毛的运动。我们对GAS8结构域蛋白进行了全属范围的进化分析，重点研究了Trypanosoma melophagium中的同源基因LSM04 004638。研究方法包括最大似然系统发育重建、分支特异性和位点水平的基于密码子的选择分析、祖先序列重建以及基于Rosetta的能量估算。尽管存在与细胞骨架关键功能相一致的强烈纯化约束，分支水平的aBSREL分析仍检测到与T. melophagium进化过程中偶发性多样化选择相一致的统计显著信号（aBSREL：LRT = 6.72，Holm校正后的p值 = 0.0494）。位点水平分析发现了两个显著的MEME密码子位点（2和109；p值分别为0.00598和0.00916），这些位点发生了相对于重建祖先的非同义替换（P2G和V106L）；第三个位点（267）虽然有提示性但并不显著（p值 = 0.08596）。分支-位点codeml分析未达到统计显著性（LRT = 1.7428，p = 0.1868，BH-FDR = 0.9339），尽管在替代模型下BEB方法将位点2标记为显著（PP = 0.983）。这些结果与有限的谱系特异性适应性进化一致，但单独来看并不能证明这一点；鉴于codeml分支-位点测试的结果，这种适应性进化应被视为方法依赖性的，并且在统计上较为微弱。RELAX敏感性测试未发现该信号是由约束放松驱动的（K = 1.12，p = 0.697）。基于Rosetta的能量比较在单突变和双突变模型中均显示出正的\(\Delta \Delta G\)值，但结构解释仍依赖于具体模型，应将其视为假设生成工具，而非体内功能改变的直接证据。