C-di-AMP的抑制作用促进了细菌铜死亡(cuproptosis)的发生,加速了组织重塑,并提供了持久的免疫保护

《Biomaterials》:C-di-AMP Inhibition-Propelled Unlocking Bacterial Cuproptosis Accelerates Tissue Remodeling and Confers Long-Lasting Immunoprotection

【字体: 时间:2026年06月10日 来源:Biomaterials 12.9

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  陈思瑞|李丹|周富源|黄一春|张梦洁|辛亮静|翟启明|陈涛|万树成|王思|宋金林重庆医科大学附属口腔医院,重庆口腔疾病重点实验室,重庆市高等教育口腔生物医学工程重点实验室,重庆市卫生健康委员会口腔生物医学工程重点实验室,中国重庆市401147摘要细菌感染对全球健康构成了重大威胁,

  
陈思瑞|李丹|周富源|黄一春|张梦洁|辛亮静|翟启明|陈涛|万树成|王思|宋金林
重庆医科大学附属口腔医院,重庆口腔疾病重点实验室,重庆市高等教育口腔生物医学工程重点实验室,重庆市卫生健康委员会口腔生物医学工程重点实验室,中国重庆市401147

摘要

细菌感染对全球健康构成了重大威胁,传统抗生素由于耐药性和反复感染而常常失效。本研究提出了一种金属-酚类治疗策略,该策略同时针对细菌环二腺苷单磷酸(c-di-AMP)合成酶,并利用铜离子传递来根除感染并防止复发。通过基于结构的虚拟筛选和体外验证,发现茶黄素3,3'-二没食子酸酯(TF3)是一种天然的c-di-AMP合成酶抑制剂,随后将其整合到基于铜的金属-酚类网络中,制备出TF3-Cu纳米颗粒(TF3-Cu NPs)。该系统在酸性生物膜微环境中表现出刺激响应性的药物释放,同时抑制c-di-AMP的合成并释放铜离子。转录组分析表明,通过破坏c-di-AMP的代谢,TF3-Cu NPs会损害细菌细胞壁/膜功能,从而诱导细胞内铜积累。细胞内铜过载会破坏三羧酸循环,引发类似铜死亡(cuproptosis)的细菌死亡,并抑制生物膜的成熟。值得注意的是,TF3-Cu NPs通过铜死亡机制诱导免疫原性细菌死亡,促进树突状细胞的成熟,并扩大记忆B细胞群体,从而对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的再感染提供持久保护。总体而言,本研究验证了c-di-AMP合成酶作为有前景的抗菌靶点,并建立了一种双机制、无抗生素的材料方法,该方法将c-di-AMP途径抑制与细菌铜死亡诱导相结合,以同时抑制生物膜并增强宿主免疫力。

引言

细菌感染的高发率和严重病例的死亡率对全球健康构成了威胁。[1],[2] 细菌的生活方式直接决定了它们的致病潜力,主要包括两种状态:自由浮动的浮游细胞和表面相关的生物膜聚集体。[3],[4] 生物膜的形成通常被认为是持续感染的主要因素,严重限制了抗生素的渗透,并使细菌对传统抗菌剂产生强大的抗性。[5],[6],[7] 此外,感染部位的高酸度、缺氧和营养缺乏促进了免疫抑制性的生物膜微环境(BME),这削弱了宿主的局部防御能力,导致持续性和反复感染。[8],[9] 因此,开发无需抗生素的疗法,直接针对病原体、破坏生物膜屏障、重新编程免疫细胞并增强宿主防御能力,对于治疗细菌感染和预防复发具有重大潜力。在不引发耐药性的情况下实现这三项功能仍然是一个关键的未满足的临床需求。
近年来,细菌环状二核苷酸(CDNs)已成为基本生理过程的广泛调节因子,[10],[11] 使得合成/降解CDNs的酶或CDNs受体成为下一代抗菌策略的有吸引力的靶点。[12],[13],[14],[15] 在核苷酸调节过程中,大多数毒力特征对细菌生存并非必需,因此理论上这些靶点比传统抗生素疗法更不容易产生耐药性。[16],[17] 在CDNs中,环二腺苷单磷酸(c-di-AMP)是一种在多种人类病原体中普遍存在的保守第二信使,[18],[19],[20],[21],[22] 它在细菌增殖和宿主入侵过程中调节关键生理过程,包括细胞壁稳态、渗透压稳态、DNA修复和生物膜形成。[23],[24],[25],[26] 值得注意的是,c-di-AMP调节渗透压平衡和跨膜溶质运输。[27],[28],[29] 通过调节膜电位和离子流动,它增强了细菌对渗透压应激和抗菌剂的抵抗力,同时调节细菌代谢、毒力因子表达和生物膜结构。[30],[31],[32] 这些功能确保了细菌在环境变化下的生存,尤其是在恶劣的宿主微环境中,这对抗菌治疗带来了很大困难。[33] 因此,c-di-AMP调节的代谢途径和信号网络已成为有前景的治疗靶点。然而,调节c-di-AMP信号的转化潜力尚未得到充分探索。
越来越多的证据表明,铜死亡是一种由细胞内铜过载引发的细胞死亡,它会破坏线粒体代谢并诱导蛋白质毒性应激。[34],[35] 机制上,铜与三羧酸(TCA)循环中的脂质化成分结合,导致线粒体功能障碍和蛋白质聚集,从而在细胞中引发铜死亡,在细菌中引发类似铜死亡的死亡。[36] 这些事件可能导致细菌裂解和抗原释放,在感染组织中可能促进树突状细胞(DCs)的成熟和记忆细胞的激活。[37],[38] 这种级联反应可以增强急性免疫反应和持久的免疫记忆,显著增强宿主对反复病原体挑战的防御能力。
然而,这种免疫治疗机制依赖于足够的细胞内铜离子积累,[39] 这一过程受到细菌细胞膜完整性和外排系统的物理屏障的严重限制。受到c-di-AMP在细菌生理学中核心作用的启发,我们提出通过药理学抑制c-di-AMP来增加细胞壁和膜的通透性,可以触发细菌的铜死亡并抑制生物膜的形成。因此,关键在于实现c-di-AMP抑制剂和铜离子之间的协同作用,以最大化抗菌效果,同时最小化全身毒性。
作为概念验证,我们提出了一个无抗生素的治疗平台,将c-di-AMP途径抑制和细菌铜死亡转化为自我放大的抗菌级联反应。通过基于结构的虚拟筛选和体外验证,我们从天然多酚库中鉴定出茶黄素3,3'-二没食子酸酯(TF3)作为对c-di-AMP合成酶具有高亲和力的代表性抑制剂。为了提高其抗菌效率和稳定性,我们通过Cu-酚配位作用设计了TF3-Cu纳米颗粒(TF3-Cu NPs),创建了一个响应生物膜环境的纳米系统,能够同步将c-di-AMP合成酶抑制和铜离子传递到细菌感染部位。在遇到酸性生物膜环境时,TF3-Cu NPs会发生解体,TF3会破坏c-di-AMP介导的细胞壁和膜完整性,同时释放的铜离子在细胞内积累,通过破坏三羧酸循环引发类似铜死亡的细菌死亡。这种双机制作用不仅能够根除浮游和生物膜中的病原体,还能通过释放抗原促进树突状细胞成熟并建立持久的记忆B细胞反应,从而实现对抗金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的持久保护(图1)。总体而言,这项工作确立了c-di-AMP合成酶作为临床可行的抗菌靶点,并提出了一种颠覆性的策略,将细菌信号传导的脆弱性转化为治疗优势,为持续性和反复性细菌感染提供了有希望的解决方案。

章节片段

基于结构基于虚拟筛选的天然酚类c-di-AMP合成酶抑制剂的鉴定

c-di-AMP是一种关键的细菌第二信使,调节着多种生理过程。[21],[40],[41],[42] 在金黄色葡萄球菌(S. aureus)诱导的皮肤脓肿小鼠模型中检测到高水平的c-di-AMP(图S1和2),证实了其在细菌感染性疾病中的病理生理意义。在S. aureus中,c-di-AMP由二腺苷酸环化酶(DAC,由cdaA基因编码)从两个ATP分子合成,并由磷酸二酯酶(PDE)降解为pApA。

结论

总之,我们开发了TF3-Cu NPs,这是一种协同治疗系统,它同时诱导细菌的铜死亡并启动宿主的免疫记忆。我们的结果证实,TF3-Cu NPs在酸性感染微环境中表现出刺激响应性释放,通过破坏c-di-AMP的代谢来损害细菌细胞膜的完整性,从而导致细胞内铜过载,进而引发类似铜死亡的死亡。

虚拟筛选和分子对接

分子对接分析使用AutoDock Vina 1.2.5进行。蛋白质结构来自UniProt数据库,并使用MGLTools 1.5.6进行准备,包括添加氢原子、分配Gasteiger电荷和定义AD4原子类型。天然多酚化合物库(TargetMol L6100)使用OpenBabel 3.0.0转换为3D结构,并为所有配体分配了Gasteiger电荷。使用CavityPlus进行了可药物化口袋预测,排名最高的口袋(由

CRediT作者贡献声明

黄一春:研究。周富源:方法学、研究。李丹:方法学、研究。陈思瑞:写作——审稿与编辑、写作——初稿、可视化、验证、方法学、研究、正式分析、数据管理、概念化。辛亮静:方法学、概念化。张梦洁:方法学。翟启明:方法学、概念化。宋金林:写作——审稿与编辑、监督、资源管理、项目管理、资金支持

作者们均声明没有利益冲突。

数据可用性声明

本研究生成或分析的所有数据均提供在正文和补充信息中。如有需要,可向相应作者索取更多信息。

作者声明他们没有已知的可能会影响本文报告工作的财务利益或个人关系。

致谢

本工作得到了国家自然科学基金优秀青年学者项目(资助编号:32322044)、国家自然科学基金(资助编号:U22A20314、82401067、82201075)、重庆市自然科学基金(资助编号:CSTB2025NSCQ-GPX1186)、重庆市医学青年拔尖人才计划(资助编号:YXQN2025003)以及重庆市博士后研究项目特别资助(资助编号:2023CQBSHTB3004)的财政支持。图1-8中的插图由
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