用于检测间日疟原虫（Plasmodium vivax）中Pvmdr1和Pvcrt-o基因拷贝数变化的Droplet数字PCR检测方法

《Malaria Journal》：Droplet digital PCR assays for Pvmdr1 and Pvcrt-o gene copy number variation determination in Plasmodium vivax

　　

摘要

背景

mdr1 和 crt-o 在 Plasmodium vivax 中的扩增与抗疟疾药物耐药性有关，因此可以作为分子标记。准确的拷贝数变异（CNV）量化可以为监测耐药性趋势提供有价值的见解。

目的

开发一种双链数字PCR（ddPCR）检测方法，用于同时定量 pvmdr1 和 pvcrt-o，并使用 pvtubulin 作为单拷贝内参。

方法

优化了针对 pvmdr1/pvtubulin 和 pvcrt-o/pvtubulin 的双链ddPCR检测方法。CNV通过目标基因的绝对浓度与参考基因的浓度之比来计算。

结果

成功开发并验证了ddPCR检测方法。基于 pvtubulin 浓度，针对 pvmdr1/pvtubulin 和 pvcrt-o/pvtubulin> 的检测方法的定量限分别为22.4 ± 3.5和21.5 ± 2.6拷贝/μL。对泰国Tak省（N = 25）和Kanchanaburi省（N = 97）的野外样本进行分析后发现，2008年Tak省有16%的样本携带多个 pvmdr1 副本，而所有样本都只含有一个 pvcrt-o 副本。相比之下，2023年至2025年间从Kanchanaburi省收集的样本中没有发现这两种基因的多拷贝现象。

结论

这种新开发的ddPCR检测方法为监测流行地区的 P. vivax 药物耐药性标记提供了一种可靠且高度可重复的工具，是监测计划中的潜在方法。