对GNE肌病中一种内含子GNE变异的整合靶向全基因组测序和RNA测序分析

《Human Genome Variation》：Integrated targeted whole-genome and RNA-sequencing analysis of an intronic GNE variant in GNE myopathy

　　

摘要

GNE肌病是一种罕见的常染色体隐性遗传性肌病，由GNE基因中的双等位基因致病性变异引起，该基因编码一种对唾液酸生物合成至关重要的酶。大多数变异位于外显子区域，而内含子变异的致病性仍不明确，导致许多疑似病例在基因学上无法得到明确诊断。我们旨在通过靶向全基因组测序和RNA测序来评估内含子GNE变异的致病性。我们对两名患有GNE肌病的兄弟姐妹进行了联合长扩增子测序。从肌肉活检样本和外周血单核细胞中提取了DNA和RNA，并使用Sanger测序验证了这些变异。通过SpliceAI和SpliceRover预测了剪接效应，并通过RNA测序进行了验证。利用花生凝集素染色法检测了肌肉中的唾液酸含量。发现了一个未明确功能的内含子变异NC_000009.12(NM_001128227): c.1163+5G>T，该变异与一个已知的错义变异NM_001128227): c.1807C>G（p.V603L）共存。RNA测序显示，由于内含子突变导致了异常剪接，从而在肌肉和血细胞中产生了无功能的转录本。唾液酸生物合成的减少进一步证实了该内含子突变的致病性。这些发现表明，联合长扩增子测序能够揭示外显子测序无法检测到的GNE肌病的遗传基础。这种方法提供了一种临床可行的、侵入性较小的诊断策略，并扩展了已知致病性GNE变异的范围。