对诺阿卡利地区禽源大肠杆菌进行的全面基因组分析揭示了其多重耐药性、金属耐药性以及人畜共患特征

《Scientific Reports》：Comprehensive genomic analysis of avian Escherichia coli from Noakhali uncovers multidrug resistance, metal resistance, and zoonotic signatures

　　

摘要

由禽源致病性大肠杆菌（APEC）引起的弯曲杆菌病在全球范围内导致了严重的家禽损失和经济损失，尤其是在孟加拉国，这凸显了实施有效监测和控制策略的紧迫性。本研究通过对来自禽类宿主及其周围环境的大肠杆菌分离株进行全基因组测序（WGS），获得了基因组和进化方面的见解。结果显示，这些菌株的基因组完整性较高（>99%），基因组组装的一致性得分也超过98分。进一步分析发现，这些菌株携带多种抗菌素耐药性（AMR）相关基因，包括耐药-结瘤-分裂（RND）系统、主要促进因子超家族（MFS）以及小型多重耐药性（SMR）外排泵。这些耐药基因存在于移动遗传元件（MGEs）中，表明存在水平基因转移的现象，这可能是多重耐药性表型传播的途径。基因组中的多个毒力相关基因（VAG）簇暗示了潜在的毒力特征。此外，还鉴定出大量与重金属耐受和解毒相关的基因，包括对砷、铜、镁、碲和锌的耐受性，表明这些菌株具有很强的金属胁迫耐受能力。通过对泛基因组和系统发育的分析，发现来自禽类和人类临床分离株的菌株之间存在显著相似性，提示可能存在人畜共患病传播的风险。这些发现揭示了禽源致病性大肠杆菌（APEC）和环境来源大肠杆菌（EEC）的遗传关联及其对公共卫生的潜在影响。