对产β-内酰胺酶的肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）的耐药基因组（resistome）、毒力基因组（virulome）和移动基因组（mobilome）进行计算机模拟（in silico）分析

《Scientific Reports》：In silico genomic analysis of resistome, virulome, and mobilome of β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae

　　

摘要

肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae）是一种主要的多重耐药性病原体，与医院内感染密切相关，尤其是在免疫功能低下的患者中，对全球的发病率和死亡率有显著影响。本研究对产生β-内酰胺酶的肺炎克雷伯菌分离株进行了全面的基因组分析。从美国国家生物技术信息中心-序列读取档案（NCBI-SRA）数据库中获取了临床分离株的全基因组序列，并系统地分析了抗菌素耐药性（AMR）基因、毒力因子、移动遗传元件和防御系统。通过多位点序列分型和荚膜分型评估了克隆多样性。泛基因组分析显示存在明显的异质性，其中ST15是最主要的序列类型。该菌存在一个较大的辅助基因组，表明其具有显著的基因组可塑性。共鉴定出244个独特的AMR基因，主要编码β-内酰胺酶和外排泵。同时，赋予对青霉素类、氨基糖苷类、四环素类和氟喹诺酮类抗生素耐药性的基因也较为常见。检测到超过6203个插入序列（IS）元件，主要属于IS3家族。与整合子相关的耐药基因较为普遍，尤其是那些赋予对β-内酰胺酶和氨基糖苷类抗生素耐药性的基因。总体而言，这些发现突显了肺炎克雷伯菌快速的遗传多样性和高度的耐药性潜力，这与其耐药组、毒力组和移动基因组的复杂动态密切相关。这进一步强调了迫切需要开发替代治疗策略、加强抗菌药物管理以及提高基因组监测水平，以应对日益严重的AMR威胁。