首个针对Dermacentor reticulatus（欧洲重要的蜱传病原体媒介）的染色体级基因组组装工作已完成

《BMC Biology》：The first chromosome-scale genome assembly for Dermacentor reticulatus: a key vector of tick-borne pathogens of public and veterinary health importance in Europe

　　

摘要

背景

Dermacentor reticulatus是欧洲地区重要的蜱虫物种，同时也是多种影响人类和动物健康的病原体的传播媒介。尽管它在疾病传播中起着重要作用，且分布范围不断扩大，但关于该物种的基因组数据仍然十分有限。在此，我们利用Oxford Nanopore长读长测序技术，首次完成了对D. reticulatus的染色体级基因组组装。

结果

这项染色体级基因组组装显示，其基因组中重复序列占比高达63.6%。BUSCO分析表明基因组完整性很高，引导组装的完整性得分达到了97.9%，与相关的Dermacentor物种相当。基因注释共预测出21,592个基因，BUSCO完整性得分达到98%。功能分析包括Pfam结构域分配和基因本体论分析，结果显示该物种的基因富集于与解毒、蛋白酶调控、抗菌防御和胆固醇代谢相关的分子功能。此外，还完成了线粒体基因组（15,103 bp）的组装，这为进一步了解D. reticulatus在Dermacentor属中的系统发育位置提供了依据。

结论

这一基因组资源为研究蜱虫生物学、进化过程以及宿主-病原体相互作用奠定了基础。