利用纳米孔测序技术鉴定结核分枝杆菌并分析其抗生素耐药基因谱：为患者制定更有效治疗方案的新方法

《International Journal of Medical Microbiology》：Mycobacterium tuberculosis identification and antibiotic resistance gene profiling using Nanopore sequencing: a new approach for tailoring more effective treatments for patients

　　

李健|吴翱|郭明全|大卫·克拉姆|郑亚彪|朱兆勤|范丽英

摘要

快速诊断结核病感染并实施有效药物治疗是降低疾病发病率和死亡率的关键。本文评估了TBseek的性能，这是一种基于多重靶向PCR纳米孔测序技术的检测方法，用于结核病的识别和抗生素耐药性基因分型。通过对185份临床样本的分析，TBseek的诊断性能显著优于Xpert PCR检测、荧光显微镜检查和培养方法，其灵敏度为89.47%，特异性为96.97%，AUC值为0.93。对136份TBseek阳性样本的回顾性分析显示：78.68%的样本在1小时内达到≥10个结核分枝杆菌（MTB）特异性读数的检测标准，91.18%的样本在3小时内达到该标准，100%的样本在8小时内达到该标准。在43份MTB阳性样本中，全长基因引物比热点靶向引物能够更准确地检测到MTB序列，体现了其较高的特异性。与76份结核病阳性培养样本的表型药物敏感性检测结果相比，TBseek对利福平（100.00%）、异烟肼（83.33%）、乙胺丁醇（100.00%）、链霉素（95.24%）和左氧氟沙星（90%）的耐药性检测具有较高的灵敏度。基于这些发现，TBseek在结核病及其耐药性的检测方面表现出优异的性能。经过进一步验证，TBseek具有作为一线筛查工具的临床潜力，可用于评估疑似结核病病例，并指导及监测个性化治疗方案。