2019–2025年泰国猪流感病毒的遗传特征揭示新型重配株

《Transboundary and Emerging Diseases》：Genetic Characterization of Swine Influenza Viruses in Thailand in 2019–2025 Reveals Novel Reassortants

　　

猪流感病毒（swIAVs）构成重大人畜共患病威胁。由于集约化养猪促进种间传播和新型或强毒病毒的出现，在泰国持续监测swIAV至关重要。本研究旨在进行一项多年调查，以确定2019年至2025年在泰国猪群中流行的swIAV的流行率并进行遗传特征分析。从泰国11个省的21个猪场共采集了1629份鼻拭子样本，并检测swIAV。研究结果显示，使用M基因特异性实时RT-PCR检测，10.87%（177/1629）的样本swIAV检测呈阳性。在177份阳性样本中，研究人员成功分离了30株swIAV，亚型为swIAV-H1N1（n=14）、swIAV-H1N2（n=3）和swIAV-H3N2（n=13）。所有30株swIAV随后通过全基因组测序进行特征分析，鉴定出8种swIAV基因型。系统发育分析证实了所有亚型（H1N1、H1N2和H3N2）之间的重配。所有亚型的大多数基因源自大流行H1N1-2009（pdm）谱系，经常与古典猪（CS）、欧亚禽（EA）或人季节性（HU）节段重配。重要的是，在泰国尚未报道过四种新的swIAV基因型：地方性H1N1（8EA）、地方性H3N2（6EA+2HU）、重配H1N1（5pdm+2EA+1CS）和重配H3N2（4pdm+2CS+2HU）。研究结果强化了pdmH1N1-2009在猪场中主要流行或多次引入，导致各种重配和多样的swIAV基因型。由于地方性swIAV、pdmH1N1-2009和重配swIAV在泰国猪群中共同流行，强调对猪、猪场工人和兽医进行流感病毒常规监测的重要性。持续改进监测对于预防具有大流行潜力的遗传复杂性swIAV的出现至关重要。

**论文解读：2019–2025年泰国猪流感病毒遗传特征揭示新型重配株**

**研究背景与问题**

猪流感病毒（swine influenza viruses, swIAVs）属于甲型流感病毒（influenza A virus, IAV），是一种对猪和人具有显著人畜共患病威胁的呼吸道病原体。猪作为“混合容器”（mixing vessel），其呼吸道上皮细胞同时表达禽流感病毒受体（α-2,3-连接唾液酸）和人流感病毒受体（α-2,6-连接唾液酸），因此能够同时感染禽源和人源病毒并发生基因重配（reassortment），从而可能导致具有大流行潜力的新型流感病毒出现。在泰国，养猪业密度高，猪群中已存在多个swIAV亚型（H1N1、H1N2、H3N2）及其地方性基因型。自2009年大流行H1N1（pdmH1N1-2009）病毒引入泰国猪群后，病毒持续重配，产生了多种重配株。然而，在pdmH1N1-2009建立后，针对泰国猪群的基因组监测仍较为有限。因此，研究人员开展了2019至2025年的多年度主动监测，旨在阐明泰国猪群中swIAV的流行率、基因型多样性及重配动态，并鉴定新型基因型，为公共卫生风险评估和防控策略提供依据。该论文发表在《Transboundary and Emerging Diseases》。

**关键技术方法**

研究人员在2019年至2025年间，对泰国11个省的21个猪场进行了多年度主动监测，共采集1629份鼻拭子样本，样本涵盖四个猪龄组（哺乳仔猪、保育猪、育肥猪、种猪）。首先利用M基因特异性实时RT-PCR（real-time RT-PCR）进行swIAV检测。阳性及可疑样本通过鸡胚接种和/或MDCK细胞培养进行病毒分离。对成功分离的30株病毒进行全基因组测序（Oxford Nanopore Technologies），再通过最大似然法（maximum-likelihood）构建系统发育树，分析HA、NA及内部基因的谱系来源，并确定遗传构型。同时分析关键氨基酸位点的突变（如受体结合位点、抗原位点、耐药位点）。

**研究结果**

**3.1 多年度猪流感病毒监测结果**
通过RT-PCR检测，1629份样本中10.87%（177/1629）呈swIAV阳性。统计分析发现，阳性率与猪龄组显著相关（χ2=50.40，p<0.05），其中保育猪（>4–8周龄）阳性率最高（15.37%），哺乳仔猪（≤4周龄，9.94%）次之。季节因素也具有显著性（χ2=14.53，p<0.05），雨季阳性率（14.16%）显著高于冬季（6.84%）。省份间阳性率差异显著（χ2=179.91，p<0.05），素攀武里府（47.50%）和叻丕府（19.27%）最高。所有表现出呼吸道症状的猪场阳性率达95%–100%。

**3.2 全基因组特征与遗传构型**
从30株分离株中鉴定出3个亚型：swIAV-H1N1（n=14）、swIAV-H3N2（n=13）和swIAV-H1N2（n=3）。全基因组测序发现8种基因型。swIAV-H1N1包括4种基因型：重配株rH1N1（7pdm+1CS，n=4）、rH1N1（5pdm+2EA+1CS，n=4）、rH1N1（6pdm+1EA+1CS，n=5）以及地方性enH1N1（8EA，n=1）。swIAV-H1N2均为重配株rH1N2（6pdm+1EA+1HU，n=3）。swIAV-H3N2包括3种基因型：重配株rH3N2（6pdm+2HU，n=9）、rH3N2（4pdm+2CS+2HU，n=2）以及地方性enH3N2（6EA+2HU，n=2）。其中，enH1N1（8EA）、enH3N2（6EA+2HU）、rH1N1（5pdm+2EA+1CS）和rH3N2（4pdm+2CS+2HU）为泰国此前未报道的新型基因型。所有基因型均以pdmH1N1-2009骨架为主，且表面基因常来自CS、EA或HU谱系。

**3.3 系统发育分析**
H1基因系统发育显示，大部分swIAV-H1N1（13株）属于古典猪（CS）谱系亚支1A.1.2，而swIAV-H1N2（3株）和1株enH1N1（CU35124）属于欧亚禽（EA）谱系亚支1C。N1基因中，9株重配H1N1及enH1N1聚集于EA谱系，4株2019–2020年的H1N1聚集于pdmH1N1-2009群。H3基因中，13株swIAV-H3N2全部属于人季节性（HU）谱系，其中9株位于HUa亚支，2株位于HUb亚支，2株地方性H3N2（CU28095和CU28100）与1997–1998年人流感病毒株密切相关。N2基因分析显示，多数H3N2与人源HUa/HUb亚支聚类，地方性株则与早期季节性N2谱系（1998亚支）聚类。

**3.4 遗传分析**
H1受体结合位点分析显示，11株swIAV-H1N1保留190D和225D，表明偏好禽类受体（α2，3-连接唾液酸受体）；但2株（CU24248和CU24758）出现190D和225G，提示对禽和哺乳动物（α2，6-连接唾液酸受体）双重结合能力。所有swIAV-H3N2的226位为I/V、228位为S，表明偏好哺乳动物受体。抗原位点分析提示部分毒株存在抗原漂移（antigenic drift）。内部基因方面，所有毒株的PB2均为627E（低哺乳动物毒力），大多数毒株（除CU28095和CU28100外）为701D，同时NS1为92D（与增强毒力相关）。所有分离株的M2基因均携带S31N突变，表明对抗病毒药物金刚烷胺（amantadine）耐药。未检测到与奥司他韦（oseltamivir）耐药相关的NA突变（N1：E119V、H275Y、R293K、N295S；N2：N146K、S219T、A272V）。

**讨论与结论摘要**

讨论部分指出，泰国猪群中swIAV流行率（10.87%）高于以往泰国监测数据（2009–2011年6.05%、2010–2012年1.75%等）。保育猪高阳性率及雨季高发提示需加强关键阶段的生物安全。重配动态显示pdmH1N1-2009内部基因盒已成为泰国swIAV优势骨架，持续与地方性EA、CS和HU谱系重配。四种新型基因型的发现（包括来自丹麦的纯EA谱系enH1N1）进一步凸显了猪群作为“混合容器”的作用，且动物贸易可能引入全欧洲谱系病毒。所有分离株对金刚烷胺耐药，但对奥司他韦敏感。哺乳动物受体适应性增加人畜共患传播风险，尤其对猪场工人和兽医构成威胁。研究结论强调，鉴于泰国猪群中同时流行地方性swIAV、pdmH1N1-2009及重配新型毒株，需在“同一健康”（One Health）框架下加强猪、农场工人和兽医的常规监测，完善农场生物安全措施，以预防具有大流行潜力的遗传复杂株的出现。