《The Journal of Prevention of Alzheimer's Disease》:Bidirectional causal relationships between plasma proteins, neuroimaging metrics and risk of Alzheimer's disease
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背景:神经影像指标(neuroimaging metrics, NIMs)改变是阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)最早可检测到的病理生理改变之一,血浆蛋白与神经影像指标波动密切相关,分析关联蛋白组学特征有助于发现AD治疗靶点。方法:
背景:神经影像指标(neuroimaging metrics, NIMs)改变是阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)最早可检测到的病理生理改变之一,血浆蛋白与神经影像指标波动密切相关,分析关联蛋白组学特征有助于发现AD治疗靶点。方法:采用英国生物样本库(UK Biobank, UKB)脑影像数据结构(Brain Imaging Data Structure, BIDs)的全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据;AD病例401,661例、对照10,520例来自FinnGen数据库;对神经影像指标、蛋白质组与AD进行双向孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)分析,方法包括逆方差加权法(inverse variance weighted, IVW)、MR Egger、加权中位数法(weighted median)、加权众数法(weighted mode)及Wald比值法。结果:研究人员识别出12个与AD显著相关的神经影像指标(左半球总皮质厚度、右丘脑体积等),为贯穿AD临床前阶段至痴呆期的稳定结构磁共振成像(structural magnetic resonance imaging, sMRI)生物标志物;发现1,633个与AD有显著因果关系的血浆蛋白,功能富集分析显示这些蛋白主要富集于突触小泡循环、突触膜、神经递质释放及GABA受体活性等AD相关通路;蛋白与AD的显著关系受神经影像指标影响,其中神经影像指标介导了PTPRC蛋白与AD表型特征间反向关系的67%。结论:本研究建立了蛋白组、神经影像指标与AD影响关系的联系,为理解AD复杂机制提供重要信息。
《血浆蛋白、神经影像指标与阿尔茨海默病(AD)风险之间的双向因果关系》论文解读
本文为发表于《The Journal of Prevention of Alzheimer's Disease》的研究解读。阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)是最常见的老年退行性痴呆,其经典病理标志——β淀粉样蛋白(amyloid-β, Aβ)斑块与Tau蛋白神经纤维缠结(neurofibrillary tangles, NFTs)仅能部分解释疾病机制,以Aβ和Tau为靶点的治疗临床转化效果不佳,亟需发现新治疗靶点。结构磁共振成像(structural magnetic resonance imaging, sMRI)显示的神经影像指标(neuroimaging metrics, NIMs)改变是AD最早的病理生理改变之一,可在临床症状出现前数年至数十年被检测到,且既往观察性研究表明脑脊液(cerebrospinal fluid, CSF)蛋白(如total tau, neurofilament light chain, NfL)与神经影像改变相关,但既有研究仅关注少数蛋白与指标,未系统阐明血浆蛋白、大尺度神经影像指标与AD间的双向因果关系及中介作用。本研究旨在通过双向孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)分析,构建血浆蛋白–神经影像指标–AD三者关联图谱,明确神经影像指标是否在蛋白与AD的关联中起中介作用,以深化对AD发病机制的理解。
为开展本研究,研究人员主要采用以下关键技术方法:神经影像指标GWAS数据来源于英国生物样本库(UK Biobank, UKB)脑影像数据结构(Brain Imaging Data Structure, BIDs)发布数据,初筛2,146个指标后经去冗余及剔除小脑区指标保留587个;AD GWAS数据来自FinnGen数据库(病例401,661例,对照10,520例);血浆蛋白GWAS数据采用已发表大规模血浆蛋白组GWAS汇总数据。先进行连锁不平衡得分回归(linkage disequilibrium score regression, LDSC)评估遗传相关性(P<0.05为显著),再以P≤5×10-8、连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)聚类r2=0.001、基因窗口±100 kb筛选工具变量(instrumental variables, IVs),剔除次要等位基因频率(minor allele frequency, MAF)<0.01的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)。MR分析采用逆方差加权法(inverse variance weighted, IVW)为主,辅以MR Egger、加权中位数法(weighted median)、加权众数法(weighted mode)及单SNP时采用Wald比值法;F统计量检验弱工具变量(F≥30);异质性与水平多效性检验采用Cochrane's Q检验、I2统计量、Egger截距检验及MR?PRESSO法;进行留一法(leave?one?out)敏感性分析。对显著关联蛋白行GO与KEGG富集分析(校正后Padj<0.05),对蛋白–神经影像指标–AD通路行中介效应分析(FDR校正PFDR<0.05)。
结果部分各小节结论如下:
Instrumental variables (IVs) selection(工具变量筛选):经LDSC分析发现65对神经影像指标–AD存在显著遗传相关性(P<0.05),利用RadialMR剔除异常IVs后,最终保留IVs的F统计量均≥30,说明工具变量强度合格,能有效支持因果推断并降低弱工具偏倚。
Neuroimaging metrics to AD by MR(神经影像指标对AD的MR分析):正向MR分析发现12个神经影像指标对AD发病有显著因果影响——穹窿(fornix)平均扩散率(mean diffusivity, MD)升高(OR=1.21)、右侧钩束(uncinate fasciculus)MD升高(OR=1.13)、白质高信号(white matter hyperintensities, WMH)体积增大(OR=1.09)增加AD风险;右丘脑体积减小(OR=0.84)、胼胝体压部MD降低(OR=0.90)、右侧内嗅皮层(entorhinal cortex)厚度减小(OR=0.91)、穹窿各向异性分数(fractional anisotropy, FA)降低(OR=0.90)、左侧大脑半球皮质表面积减小(OR=0.93)、左侧内嗅皮层表面积减小(OR=0.93)、左侧半球总皮质厚度减小(OR=0.94)、右侧扣带束扣带回部FA降低(OR=0.95)及左侧扣带束扣带回部FA降低(OR=0.90)均显著增加AD风险。
Proteins associated with neuroimaging metrics(与神经影像指标相关的蛋白):MR分析发现1,633个血浆蛋白与神经影像指标存在2,202个显著关联(FDR校正PFDR<0.05),不同类别神经影像指标(面积、FA、MD、厚度、体积)的最强关联蛋白各异;GO与KEGG富集显示这些蛋白显著富集于突触小泡循环、突触膜、神经递质释放、GABA受体活性等AD相关通路。
Protein to neuroimaging metrics by MR(蛋白对神经影像指标的MR分析):聚焦与12个AD相关神经影像指标有显著统计关联的39个蛋白与12个指标做MR,发现白细胞介素?1受体相关激酶4(interleukin?1 receptor-associated kinase 4, IRAK4)蛋白表达升高使左侧大脑半球总皮质表面积相关AD风险增加26%(OR=1.26, P<0.001);敏感性分析未见方向性及水平多效性(MR?Egger截距与MR?PRESSO均P>0.05)。
Proteins to AD by MR(蛋白对AD的MR分析):对39个与神经影像指标相关的蛋白行MR分析,发现10个蛋白与AD风险有显著因果关系(原文举例包括INHBB、IL17RB、PTPRC、BTN3A2、ENTPD2等),敏感性分析满足MR假设。
AD to proteins by reverse MR(AD对蛋白的反向MR分析):反向MR发现5个蛋白受AD显著反向影响,同样无显著水平多效性。
Neuroimaging metrics mediated association between proteins and AD(神经影像指标介导蛋白与AD的关联):中介分析发现5条显著中介通路(PFDR<0.05),其中神经影像指标完全介导蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(protein tyrosine phosphatase receptor type C, PTPRC,即CD45)与AD关联的67%,提示PTPRC影响AD发生/进展可能经由特定脑区结构改变实现。
讨论与结论总结:
讨论指出,本研究通过双向MR明确了12个与AD有因果关系的神经影像指标——如左侧半球总皮质厚度降低反映Tau蛋白播散、高代谢联络皮层易感性、默认模式网络(default mode network, DMN)回路中断及慢性神经炎症导致的神经元与突触进行性丢失,aMCI期即可预测进展至AD;穹窿MD升高是Aβ与Tau病理致内侧颞叶记忆环路白质微结构损伤的最早白质标志;WMH体积增大系脑小血管病(cerebral small vessel disease, CSVD)缺血性损害与AD神经原纤维变性协同加速AD进展,而非直接由Aβ/Tau介导。研究发现1,633个与神经影像指标显著相关的血浆蛋白,功能富集于AD核心通路;其中INHBB(激活素B β亚基)、IL17RB(IL?17受体B)、PTPRC(在小胶质细胞高表达,调控神经炎症与微胶质活化)、BTN3A2(Butyrophilin亚家族3成员A2,免疫球蛋白超家族T细胞应答分子,影响兴奋性突触功能)、ENTPD2(外核苷酸三磷酸二磷酸水解酶2,调控胞外ATP水平,AD中过表达致微胶质P2X7受体过度活化放大神经炎症)均与AD风险有关联且此关联受神经影像指标影响。研究局限性在于UKB人群以欧洲裔为主限制跨种族外推,神经影像指标对AD病理亚型区分不足,缺乏本地临床组织qPCR/免疫组化/蛋白水平验证。结论为:本研究整合遗传、蛋白组与神经影像大数据,绘制了血浆蛋白与神经影像指标关联全景图,所识别蛋白可作为AD评估潜在生物标志物;证实神经影像指标在血浆蛋白与AD关系中发挥中介作用,为阐明脑疾病机制及探索AD治疗新靶点提供依据。