基于免疫肽组学的非小细胞肺癌功能性新抗原的鉴定

《npj Precision Oncology》：Immunopeptidomics-guided identification of functional neoantigens in non-small cell lung cancer

　　

摘要

即使采用现代的检查点抑制剂疗法，非小细胞肺癌（NSCLC）的生存率仍然很低。基于含有肿瘤突变的短肽新抗原的个性化疫苗是一种有吸引力的精准医疗策略，但识别具有治疗意义的新抗原仍然具有挑战性，现有方法仅在6%的测试候选物中产生了阳性反应。我们开发了一种免疫肽组学方法，用于改进24名NSCLC患者（15例腺癌，9例鳞状细胞癌）的新抗原识别。我们直接鉴定出一个新抗原，并通过全外显子测序、转录组学和基于质谱的免疫肽组学技术，根据观察到的队列HLA肽呈递情况筛选预测的新抗原。该方法在6名测试患者中有5名产生了阳性功能反应（成功率为83%），其中13%的假想新抗原（70个中的9个）引发了强烈的免疫反应。对初始基于规则的新抗原选择方法进行贝叶斯建模进一步揭示了患者特定的肽呈递模式和倾向性。我们的研究结果表明，结合供体特异性的HLA肽呈递数据可以显著提高新抗原识别的成功率及免疫反应的特异性，从而推动个性化癌症疫苗的发展。