智利鲭鱼（Trachurus murphyi）的高连续性染色体级基因组组装

《Scientific Data》：A highly contiguous chromosome-level genome assembly of the Chilean jack mackerel Trachurus murphyi

　　

摘要

智利鲭鱼（Trachurus murphyi）是一种具有经济价值的外洋鱼类，广泛分布于南太平洋海域。由于过度捕捞以及缺乏高质量的基因组资源，可持续渔业管理策略的制定受到了阻碍。本文利用PacBio和Hi-C测序数据，完成了对T. murphyi的高连续性染色体级基因组组装。该基因组全长为818.31 Mb，其中contig的N50长度为24.89 Mb，scaffold的N50长度为34.34 Mb。基因组组装基于24条伪染色体完成，覆盖了95.80%的基因组序列。BUSCO分析显示其完整性高达99.0%。在12条染色体的末端检测到了端粒重复序列，同时在12条染色体上确定了可能的着丝粒区域。重复序列占基因组总长度的23.86%，共注释了47,734个蛋白质编码基因，其中90.98%的基因具有已知功能。这一高质量的基因组组装为研究智利鲭鱼的遗传多样性和种群结构提供了宝贵的资源，并为未来的渔业管理和保护工作奠定了坚实的基础。