GARUDA：濒危的爪哇鹰雕（Nisaetus bartelsi）首个完整的线粒体基因组及其在鹰科（Accipitridae）中的系统发育关系

《Scientific Reports》：GARUDA: the first complete mitochondrial genome of the endangered Javan hawk-eagle (Nisaetus bartelsi) and its phylogenetic relationships within Accipitridae

　　

摘要

爪哇鹰雕（Nisaetus bartelsi）是印度尼西亚特有的国鸟，也是一种濒危的关键捕食者。尽管面临栖息地丧失和非法贸易的严重威胁，但关于其基因组的数据仍然非常匮乏。本文首次报道了N. bartelsi的完整线粒体基因组，该基因组是通过Illumina测序技术组装而成的，长度为17,974 bp的环状线粒体基因组。该线粒体基因组包含典型的鸟类基因组成：37个基因（13个蛋白质编码基因（PCGs）、22个tRNA和2个rRNA），其核苷酸组成略偏向AT（T 23.4%、C 32.6%、A 30.0%、G 13.9%；GC含量为46.5%）。蛋白质编码基因总长度为10,711 bp，具有较高的GC含量（48.3%）和明显的组成偏斜（GC偏斜值为-0.40，AT偏斜值为0.06）；相对同义密码子的使用情况显示，该物种偏好以A或U结尾的密码子。该基因组还包括22个具有典型三叶草结构的tRNA、2个rRNA以及两个控制区域，其中一个控制区域（CR2）含有17个串联重复序列。系统发育分析表明，N. bartelsi属于鹰亚科（Aquilinae），分化时间约为1245万年前（HPD 1085–1398万年前），与S. alboniger（分化时间约为336万年前，HPD 283–392万年前）为姐妹群，且最近的物种分化发生在中新世时期的鹰亚科中。这些线粒体基因组和系统发育研究结果为该濒危猛禽的种群遗传学研究、法医鉴定及保护策略提供了基础。