通过计算机模拟（in silico）和体外实验（in vitro）综合评估印楝（Azadirachta indica）叶提取物对多重耐药性柯氏柠檬酸杆菌（Citrobacter koseri）和腐生葡萄球菌（Staphylococcus saprophyticus）的抑制作用

《Scientific Reports》：Integrated in silico and in vitro assessment of Azadirachta indica leaf extract against multi-drug resistant Citrobacter koseri and Staphylococcus saprophyticus

　　

摘要

印楝（Azadirachta indica）因其对细菌的治疗潜力而广为人知，而腐生葡萄球菌（Staphylococcus saprophyticus）和科瑟氏柠檬酸杆菌（Citrobacter koseri）由于可能引发皮肤感染，对公共卫生构成了重大威胁。本研究旨在从印楝叶子的甲醇提取物中鉴定植物化合物，并通过体外实验和计算方法评估这些化合物抑制这些细菌的有效性。这些细菌是从疖子产生的脓液中分离出来的，提取物的抑菌效果通过纸片扩散法进行了检测。此外，气相色谱-质谱（GC-MS）技术还分析了提取物中残留的植物化学物质。这些植物化学物质的药代动力学（PK）和吸收、分布、代谢、排泄（ADMET）特性通过PKCSM和SwissADME数据库进行了评估。筛选出的植物化合物使用AutoDock Vina和GLIDE软件与相关功能蛋白进行了对接。随后在GROMACS软件中进行了分子动力学模拟，并进行了模拟后的分析以及密度泛函理论（DFT）分析。在十六种具有良好药代动力学和毒性特性的化合物中，有五种分别与科瑟氏柠檬酸杆菌的肽聚糖D、D-转肽酶MrdA以及腐生葡萄球菌的D-丙氨酸-D-丙氨酸连接酶进行了对接。其中，2-(乙酰氧甲基)-3-(甲氧羰基)联苯和环丙烷-1-羧酰胺在对接、模拟及DFT分析中表现出更高的结合亲和力、更强的稳定性以及更小的能量差。本研究认为这两种化合物是抑制这些细菌的有前景的候选植物化合物。进一步的体内实验对于验证其治疗效果至关重要。