在斯威士兰实施的针对性下一代测序技术，检测出了常规诊断方法未能发现的利福平耐药性和贝达喹啉耐药性

《Nature Communications》：Targeted next-generation sequencing implementation in Eswatini identifies rifampicin and bedaquiline resistance undetected by routine diagnostic testing

　　

摘要

在斯威士兰，携带利福平耐药（RR）rpoB I491F突变的多重耐药（MDR）结核分枝杆菌（Mtb）菌株常常被常规诊断方法漏检，这些方法包括GeneXpert MTB/RIF Ultra、线性探针检测（LPA）以及分枝杆菌生长指示管（MGIT）表型药物敏感性测试（pDST）。为解决这一诊断难题，斯威士兰于2019年引入了靶向下一代测序（tNGS）技术。我们分析了2021年6月至2024年12月期间收集的234份患者样本，这些样本通过常规诊断方法被检测出异烟肼和/或利福平耐药，或疑似治疗失败，并从其中59名患者处获得了详细的临床和预后数据。tNGS检测出159株菌株具有RR特性，其中101株（64%）携带rpoB I491F突变。由Rv0678突变引起的贝达喹啉（BDQ）耐药性在87株菌株中被发现，这使得55%（87/159）的RR菌株和85%（86/101）的rpoB I491F突变菌株在基因型上对BDQ具有耐药性。常规检测方法显著低估了耐药性，尤其是在那些被报告为异烟肼耐药但利福平敏感的菌株中。基于tNGS的结果，53%（31/59）的患者的治疗方案得到了调整，其中88%（52/59）的治疗取得了成功。因此，tNGS是检测携带rpoB I491F突变且具有额外BDQ耐药性的菌株的重要工具，这凸显了迫切需要重新评估现有的结核病治疗方案和全球药物耐药性分类标准。