整合自上而下和自下而上的蛋白质组学方法能够精确地表征蛋白质冠层中的各种蛋白质形式

《Nature Communications》：Integrated top-down and bottom-up proteomics enables precise characterization of proteoforms within the protein corona

　　

摘要

准确表征蛋白质冠层中的蛋白质变体对于开发更安全、更有效的纳米药物以用于诊断和治疗应用至关重要。在此，我们通过整合基于质谱（MS）的自上而下蛋白质组学（TDP）和自下而上蛋白质组学（BUP）方法，进一步改进了蛋白质冠层中蛋白质变体的表征。通过对聚苯乙烯纳米颗粒（PSNPs）上形成的蛋白质冠层进行TDP分析，我们从乳腺癌血浆样本中鉴定出了400个基因的5000多种蛋白质变体，从而建立了迄今为止最大规模的人类血浆TDP数据集以及最全面的蛋白质冠层蛋白质变体数据库之一。结合TDP和BUP方法可提高约35%含有质量变化的蛋白质变体的表征质量，从而获得更为精确的蛋白质冠层蛋白质变体图谱。该方法还有助于发现并精确表征潜在的乳腺癌蛋白质变体生物标志物。最终，这将加深我们对蛋白质冠层的理解，为纳米颗粒与生物系统的相互作用提供宝贵见解，并推动蛋白质变体生物标志物的发现。