《Cancer Letters》：The germline MLH1 c.2054 C>T mutation disrupts DNA mismatch repair and is detectable by digital PCR
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马修·R·莫尔登豪尔（Matthew R. Moldenhauer）|阿迪蒂亚·马哈德万（Aditya Mahadevan）|卡梅伦·霍姆（Cameron Hom）|安吉·T·M·阮（Angie T.M. Nguyen）|瓦莱丽娅·兰赫尔（Valeria Rangel）|索菲·哈
马修·R·莫尔登豪尔（Matthew R. Moldenhauer）|阿迪蒂亚·马哈德万（Aditya Mahadevan）|卡梅伦·霍姆（Cameron Hom）|安吉·T·M·阮（Angie T.M. Nguyen）|瓦莱丽娅·兰赫尔（Valeria Rangel）|索菲·哈森（Sophie Hasson）|许宁翔（Ning-Hsiang Hsu）|奇梅齐·乌巴奥努（Chimezie Ubbaonu）|迪皮卡·纳坦（Deepika Nathan）|维沙尔·S·昌丹（Vishal S. Chandan）|沈凯元（Kaiyuan V. Shen）|埃莉安娜·M·达莫佐尼奥（Ellianna M. Damozonio）|格蕾丝·G·周（Grace G. Zhou）|坦维·奇奇利（Tanvi Chichili）|安·乐（An Le）|塞尔玛·马斯里（Selma Masri）|法尔希德·达亚尼（Farshid Dayyani）|乔峰（Feng Qiao）|詹妮弗·B·瓦莱林（Jennifer B. Valerin）|尼古拉斯·R·潘努齐奥（Nicholas R. Pannunzio）
美国加利福尼亚大学欧文分校医学院，欧文，加利福尼亚州
摘要
林奇综合征（Lynch syndrome）由于存在遗传性的DNA错配修复（MMR）缺陷，显著增加了患结直肠癌（CRC）的风险。早期检测依赖于对有癌症家族史的患者进行致病突变的识别，但目前已知的经典林奇综合征突变种类较少。本文描述了四名携带相同MLH1基因突变的患者。尽管这些患者有强烈的癌症家族史，但对其MLH1突变的致病性存在争议。这突显了改进诊断方法以筛查非经典林奇综合征变异的必要性。除了设计一种新型数字PCR（dPCR）检测方法来快速检测MLH1基因变异外，我们还通过分子建模、突变特征分析和功能基因检测证实了该突变确实会导致明确的MMR缺陷，从而增加癌症风险。本研究强调了改进诊断工具以识别不同人群中致病突变的必要性。
章节摘录
引言
大约15-20%的结直肠癌（CRC）是由微卫星不稳定性（MSI）引起的，这是一种由DNA错配修复（MMR）通路缺陷导致的表型。1虽然大多数MSI病例是散发的，但仍有高达5%的病例是由遗传突变引起的。2林奇综合征是一种遗传性癌症易感综合征，由MLH1、MSH2、MSH6和EPCAM等DNA MMR基因的种系缺陷引起，患者终生患结肠癌的风险可高达70%。
患者及家族史
下文详细介绍了四名具有广泛CRC家族史的患者案例。其中三人后来被确认为表亲关系。另有两名亲属被诊断出患有其他类型的癌症，包括胃癌、子宫癌和直肠腺癌，还有一人患有恶性黑色素瘤。在患者二初次就诊时，我们获得了四代家族谱系图，发现多名母亲亲属患有早发性CRC（图1A）。CRC的家族史可追溯至其母亲
讨论
在这项研究中，我们开发了一种新型dPCR检测方法，能够识别MMR突变并进一步表征mlh1-2054突变体。在所有四名患者中，该方法在部分情况下准确再现了下一代测序（NGS）对MLH1突变的结果。根据这四名患者的经验，采用该技术可以将基因检测的周转时间缩短数周，并使家族检测更加普及。此外，我们还
图表回顾
收集了患者的人口统计特征、肿瘤病理学信息、相关影像学资料和实验室检测结果。TNM分期和病理学描述遵循第八版AJCC癌症分期手册。39
下一代测序（NGS）
患者的DNA通过Qiasymphony或Zymo Research的Quick-DNA? Miniprep Plus试剂盒[目录号：D7003]从全血或唾液中提取，也可使用Zymo Research的Quick-DNA/RNA? FFPE MiniPrep试剂盒[目录号：R1009]从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的组织块中提取。
CRediT作者贡献声明
埃莉安娜·M·达莫佐尼奥（Ellianna M. Damozonio）：正式数据分析、数据管理。尼古拉斯·潘努齐奥（Nicholas Pannunzio）：撰写——审稿与编辑、初稿撰写、项目监督、方法学设计、研究实施、资金筹集、正式数据分析、数据管理、概念构思。格蕾丝·G·周（Grace G. Zhou）：正式数据分析、数据管理。维沙尔·S·昌丹（Vishal S. Chandan）：数据可视化、研究实施、正式数据分析、数据管理。阿迪蒂亚·马哈德万（Aditya Mahadevan）：初稿撰写、数据可视化、正式数据分析、数据管理。
研究审批
我们遵守了所有相关的伦理规定。患者样本是通过加利福尼亚大学欧文分校机构审查委员会（IRB编号：1040）批准的协议，在知情同意的情况下获得的。本研究遵循《赫尔辛基宣言》（Declaration of Helsinki）制定的标准进行。
数据获取
如需获取相关数据信息，请直接联系相应的作者。
利益冲突
作者声明不存在任何可能影响本文研究的利益冲突。
? 作者声明他们没有已知的可能影响本文研究的财务利益或个人关系。
Chao家族综合癌症中心（CFCCC）的支持，该中心得到了美国国立卫生研究院（NIH）/国家癌症研究所（NCI）（项目编号：P30 CA062203）的资助。本研究还获得了
