对基因组预测的Caldatribacterium（Atribacterota）的分离研究揭示了由于叶酸沉淀导致的普遍性微生物培养难题

《Nature Communications》：Isolation of genome-predicted Caldatribacterium (Atribacterota) reveals pervasive microbial cultivation problem due to folate precipitation

　　

摘要

大多数细菌门类都很难获得纯培养物，包括由普遍存在的厌氧菌构成的Atribacterota门。在此，我们报告了通过基因组指导从温泉中分离出代表一个新科的两种Atribacterota物种：Caldatribacterium saccharofermentans，以及从深层含水层中分离出的Caldatribacterium inferamans。这两种细菌都是在与硫酸盐还原菌共同富集的过程中被分离出来的，起初难以分离，我们认为这是由于在过滤灭菌未缓冲的Wolin维生素溶液时意外去除了沉淀的叶酸所致。随后我们推测Atribacterota门以及约29%的所有细菌都具有叶酸营养缺陷性，其中27%的细菌门类存在严重的营养缺陷性。由于MediaDive数据库中791种含有叶酸的培养基中有≥604种（≥76%）使用了未缓冲的维生素溶液，而其中的叶酸很可能在过滤灭菌过程中被去除，因此我们认为叶酸营养缺陷性限制了这些细菌在标准化培养基中的培养能力。此外，我们还发现了Caldatribacterium的一些独特特征，包括三层类似脂质膜的结构，最内层的结构包围着核区，同时还存在高比例的分泌蛋白，这些都表明Atribacterota门具有独特的细胞生物学特性。