摘要
结直肠癌是全球第三大常见恶性肿瘤。详细了解细胞表面蛋白的特性对于识别预后生物标志物以及开发新的治疗策略至关重要。癌症的进展过程以及上皮细胞的极性都会影响这些蛋白的表达水平及其在细胞内的定位。然而，关于这些蛋白在顶膜与基底膜之间的分布情况，尤其是结直肠癌细胞中的相关定量数据仍十分有限。在此，我们开发了一种快速、高通量的分析方法：首先从极化的结直肠上皮细胞（HT29和HCT116）的顶膜与基底膜表面提取生物素标记的肽类和蛋白质，再通过LC-MS/MS技术进行分析。该方法能够同时确定约1200种细胞表面蛋白在细胞各表面的分布情况。此外，我们还发现了近500个具有典型序列特征的潜在N-糖基化位点，这些位点可作为未来进行靶向糖基化分析的依据。为测试该方法的灵敏度，我们通过基因编辑技术制备了TKS4基因敲除细胞，并发现了一些表达水平与野生型细胞存在显著差异的表面标志物。总体而言，我们的研究为了解细胞表面蛋白在结直肠癌细胞及基因编辑模型中的作用提供了新见解，尤其有助于理解与TKS4相关的类似上皮间质转化的表型，这类表型可用来模拟癌症转移过程。
