CRISPRessoSea：简化版的混合扩增子CRISPR筛选分析与比较工具

《BMC Bioinformatics》：CRISPRessoSea: streamlined analysis and comparison of pooled amplicon CRISPR screens

　　

摘要

背景

CRISPR基因组编辑技术能够精确修改基因组目标位点，但也可能在序列相似的脱靶位点引发非预期的编辑。通过混合扩增子测序可以评估多个样本中的靶标位点及脱靶位点的编辑情况，但如何分析、整合并可视化多个实验的结果仍是一项挑战。需要一些工具来简化并标准化这些分析，从而为编辑数据提供可重复且具有可比性的解读。

结果

我们开发了CRISPRessoSea，这是一个用于处理、比较和可视化混合扩增子测序实验中基因组编辑率的软件包。该工具提供了标准化的分析流程，可用于分析多个靶标和样本的编辑情况，同时支持核酸酶编辑和碱基编辑两种方式，并能生成清晰且信息丰富的总结报告，便于后续分析。

结论

CRISPRessoSea有助于对不同实验设计下的CRISPR编辑结果进行可重复、可扩展的分析，从而更高效、透明地评估基因组编辑的特异性。该软件可在https://github.com/clementlab/CRISPRessoSea免费获取。