中国西南地区11个民族中ACMG 3.2列表基因的致病变异分布

《BMC Genomics》：Pathogenic variation distribution of ACMG 3.2 list genes in 11 ethnic groups in southwest China

　　

摘要

近年来，中国及国外的人类全基因组测序项目在不同人群中有了诸多意外发现。然而，中国西南地区多民族人群中的遗传变异情况仍不明确。本研究旨在阐明贵州多民族基因组数据库（GMGD）中11个少数民族人群的ACMG v3.2标准基因中各类遗传变异，尤其是致病变异的频率分布。我们从这11个GMGD人群的476名个体中收集了全基因组测序数据，并利用GeneBe工具[1]根据ACMG/AMP指南对识别出的变异效应进行分类。经过变异筛选后共识别出521种变异，其中1.5%（8/521）的遗传变异被归类为高置信度的致病变异或潜在致病变异。最常见的致病变异/潜在致病变异为ATP7B: rs762866453和ATP7B: rs191312027，且不同人群之间存在显著差异。另外三种新发现的变异（ATP7B: rs778732681、PALB2: rs876660147、GAA: rs765718882）在GMGD人群中的等位基因频率较低至中等水平（0.106%–0.42%），但在主流数据库中并未被检测到。本研究为11个民族群体中73个与疾病相关的基因的致病变异/潜在致病变异及其频率提供了信息，为基因组医学的发展提供了重要参考。据我们所知，这是首次针对这11个民族群体中的临床偶发遗传变异进行分析，有助于进一步了解不同民族间的遗传差异。