中国野生生态型与养殖种群中华鲀遗传多样性的基因组学研究

《Marine Biotechnology》：Genomic Insights into Genetic Diversity of Coilia nasus Across Wild Ecotypes and Farmed Populations in China

　　

摘要

Coilia nasus是中国的一种洄游鱼类，栖息于海洋水域，而在河流和湖泊中产卵，存在多种生态型。在从野生洄游个体成功实现人工繁殖之后，人们开始了种群增殖与放流计划，以补充其自然资源。然而，关于洄游群体与养殖群体之间的全面基因组比较仍然较为有限。本研究采用2b-RAD测序技术，分析了海洋、河口以及洄游路线上的野生洄游群体的遗传多样性，并将其与养殖群体进行对比。共检测到835个高质量的单核苷酸多态性（SNPs），其中最高比例（28.1%）位于外显子区域。养殖群体与野生群体之间存在显著遗传差异（P?<?0.01），根据成对Fst值判断，两者的分化程度处于中等水平（0.082–0.091）。种群结构也明显区分了这两组：养殖群体具有独特的遗传成分，而野生群体则仅有轻微的组成差异。系统发育分析进一步明确了养殖群体与野生群体的区别。功能富集分析显示，养殖群体中较高的SNP频率与生长、代谢及肠道免疫相关的基因有关，这很可能反映了其在富含营养的圈养环境中的适应能力以及生长需求。此外，还有12个SNP通过PCR结合测序技术被验证可用于区分养殖个体与野生个体。这些研究结果为了解人工繁殖对C. nasus的影响提供了基因组层面的见解，同时也为这种具有生态重要性的鱼类的种群管理和种质保存提供了实用工具。