胆道癌（Biliary Tract Cancer, BTC）患者的全面基因组图谱分析

《Cancer Medicine》：Comprehensive Genomic Profiles of Patients With Biliary Tract Cancer

　　

目的　胆道癌（Biliary Tract Cancer, BTC）是一种具有高度异质性的高致死性恶性肿瘤，临床预后差。本研究旨在评估BTC的基因组图谱，以推动BTC精准医疗的发展。材料与方法　本研究对134例BTC患者标本进行靶向二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）Panel检测，并将基因组检测结果与患者临床病理资料（包括治疗信息和临床结局）进行整合分析。通过与公共数据库ICGC（International Cancer Genome Consortium）队列中西方BTC人群的NGS数据进行比较，分析本队列中基因组改变的意义。结果　本队列中最常见的基因组改变为TP53（55.5%）、KRAS（38.1%）、ARID1A（17.2%）和CDKN2A（15.7%）。值得注意的是，中国BTC患者中TP53、KRAS和LRP1B的改变频率高于西方BTC患者。此外，肝内胆管癌（Intrahepatic Cholangiocarcinoma, ICA）中IDH和FGFR2改变频率更高；肝外胆管癌（Extrahepatic Cholangiocarcinoma, ECA）倾向于富集BRIP1、KRAS和POLE改变；胆囊癌（Gallbladder Carcinoma, GBC）中NF1、MSH3和PIK3R1改变更常见。部分基因组改变对本队列的无进展生存期（Progression-Free Survival, PFS）和总生存期（Overall Survival, OS）有显著影响。ICGC队列数据进一步验证，无论组织病理学亚型或治疗方式如何，TP53改变均与中国和西方BTC患者较差的临床结局相关。结论　研究人员展示了BTC患者的真实世界基因组特征，这对未来精准医疗的开发与应用具有潜在意义。需开展设计严谨的前瞻性研究来验证本研究中观察到的显著基因组改变的预测价值。

胆道癌（Biliary Tract Cancer, BTC）患者全面基因组图谱及临床意义解读——基于《Cancer Medicine》刊载研究

一、研究背景与立题依据

胆道癌（BTC）是一组起源于胆道上皮的侵袭性、异质性恶性肿瘤，主要包括肝内胆管癌（Intrahepatic Cholangiocarcinoma, ICA）、肝外胆管癌（Extrahepatic Cholangiocarcinoma, ECA）和胆囊癌（Gallbladder Carcinoma, GBC）。大多数患者确诊时已属晚期无法手术切除，以吉西他滨为基础的化疗为标准一线方案但疗效有限。虽然美国国家综合癌症网络（National Comprehensive Cancer Network, NCCN）和欧洲肿瘤学会（European Society for Medical Oncology, ESMO）指南推荐进行分子检测以筛选FGFR2融合、IDH1突变、BRAF V600E突变、ERBB2扩增及MSI-H（微卫星不稳定高）等可靶向基因组变异，但基于二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）的靶向治疗实际应用率仍较低，且东西方人群间BTC基因组特征的差异尚待阐明。为此，研究人员开展此项研究，通过靶向NGS分析134例中国BTC患者的基因组改变，并与西方ICGC队列比较，探讨不同解剖亚型特异性的基因突变谱及其对生存结局的影响，以期为BTC的精准诊疗提供依据。

二、主要技术方法与样本来源

研究人员回顾性纳入2019年1月至2024年7月浙江大学医学院附属邵逸夫医院经病理确诊的134例BTC患者（ICA n=53, ECA n=27, GBC n=54），收集福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE）组织标本。采用获CLIA认证的商业化靶向DNA和/或RNA测序Panel（TruSight Oncology 500及FoundationOne CDx）在NextSeq 550Dx平台上行NGS检测，比对至hg19参考基因组，变异解读遵循AMP/ASCO/CAP指南。肿瘤突变负荷（Tumor Mutational Burden, TMB）≥10 muts/Mb定义为TMB-high；PD-L1表达采用22C3抗体按肿瘤细胞阳性比例分数（Tumor Proportion Score, TPS）<1%、1%–49%、≥50%分组；错配修复（Mismatch Repair, MMR）状态通过免疫组化（Immunohistochemistry, IHC）及NGS评估微卫星不稳定（Microsatellite Instability, MSI）。外部对照为cBioPortal获取的ICGC BTC队列（n=239）。分类变量比较采用卡方检验或Fisher精确检验，生存分析采用Kaplan–Meier法及Cox比例风险模型（R ver. 4.4.2），p<0.05为差异有统计学意义。

三、研究结果

3.1 Clinicopathologic Characteristics of BTCs（BTC患者的临床病理特征）

研究人员分析134例BTC基线资料，中位年龄65.5岁，男性占56.0%，IV期占67.2%。各亚型（ICA/ECA/GBC）间多数临床病理特征无显著差异，但ECA发病年龄相对较轻、神经浸润率较低、接受靶向治疗比例较低。PD-L1 TPS ≥1%者占45.5%，TMB-high占20.9%，仅2例为MSI-H。结果显示中国BTC队列具有真实世界晚期比例高的特征，且亚型间存在细微临床差异。

3.2 Landscape of Genomic Alterations（基因组改变概貌）

134例患者共检出387个基因中1502处基因组改变，最常见为错义突变（75.1%）。总体高频突变基因为TP53（55.2%）、KRAS（38.1%）、ARID1A（17.2%）、CDKN2A（15.7%）。亚型特异性差异显著：ICA富集IDH1/IDH2和FGFR2改变（FGFR2融合/重排发生率为15.1%）；ECA富集BRIP1、KRAS和POLE改变；GBC富集NF1、MSH3、PIK3R1改变及ERBB2扩增。与ICGC西方队列比，中国患者TP53（55.2% vs. 27.2%）、KRAS（38.1% vs. 16.7%）、LRP1B（13.4% vs. 6.3%）突变率显著更高，而ARID1A、SMAD4、IDH1频率相近。此外，男性更易伴PRKDC、CUX1、FGFR2、BRAF、BRIP1突变；低分化（G3）倾向伴TP53、ARID2、ARID1A、TET1改变；PD-L1表达≥1%者更多伴TP53和MSH3突变；可切除（I–III期）较IV期更多伴IDH1、MGA、NF1等改变。

3.3 Survival Analysis（生存分析）

全组中位PFS为10.6个月，中位OS为16.8个月；三种解剖亚型间PFS及OS无统计学差异。单变量分析显示FAT1、IDH1、NF1改变与较好PFS相关，但多因素Cox模型提示并非独立预测因子。基线CA19-9≥100 IU/mL、淋巴血管侵犯、晚期（IV期）是PFS和OS的独立不良因素。亚型分层分析：ECA中BRIP1和RBM10突变关联较短PFS；ICA中PIK3CG和SDHA突变关联较短PFS，TP53、SMAD4、PIK3CG、ZFHX3突变关联较差OS；GBC中SPTA1、CTNNB1、FBXW7突变关联较短PFS，DNMT3A和SPTA1突变关联较差OS。ICGC队列验证TP53为跨人群、跨亚型的不良预后独立预测因子（RFS及OS均劣，p<0.05）。

3.4 External NGS Data of BTCs（西方BTC外部NGS数据比对）

ICGC西方BTC队列显示各亚型突变模式与中国队列大体一致但频率有别。西方队列中ECA较ICA有更好RFS（非OS）。Cox模型示西方人群中KRAS、LRP1B、PBRM1、TP53是RFS和OS独立预测因子。西方ICA中TP53、KRAS、PBRM1、CSMD1关联较差RFS和OS；西方GBC中TP53、LRP1B、MUC17关联较差RFS，MUC17、TTN关联较差OS。

四、讨论与结论总结

研究人员指出，本研究证实中国BTC人群TP53、KRAS、LRP1B高频突变的种族特征，并明确各解剖亚型特异性可靶向变异分布（ICA：IDH1/FGFR2；ECA：KRAS；GBC：ERBB2），与既往报道一致。FAT1、IDH1、NF1突变虽在单变量中与较好PFS有关，但未达多变量独立性。TP53突变是公认的不良预后因素，可导致免疫抑制微环境并影响免疫检查点抑制剂疗效。RBM10（ECA）、SMAD4（ICA）、CTNNB1（GBC）等亚型特异性突变可能具预后提示价值。研究局限性包括回顾性设计、靶向Panel可能遗漏部分变异及缺乏外部真实世界东亚人群验证。

结论（Conclusion）　研究人员揭示了中国胆道癌（BTC）患者的全面基因组特征，并与西方BTC样本进行了比较，增进了对不同组织学亚型BTC突变多样性的认识。本研究发现的潜在可靶向及预测性生物标志物，有助于筛选特殊基因亚型的BTC患者并探索新型靶向治疗策略，对未来BTC精准医疗的开发与应用具有重要参考价值。需开展设计严谨的前瞻性研究来验证本研究所观察到的重要基因组改变的预测作用。