一种基于Illumina技术的扩增子测序方法，用于鉴定葡萄扇叶病毒分离株

《Scientific Reports》：An Illumina-based amplicon sequencing approach designed to determine grapevine fanleaf virus isolates

　　

摘要

传统上，要全面评估一种病毒分离株的遗传多样性，也就是其变异体的数量，需要经过许多分子学步骤，主要包括PCR扩增、克隆和桑格测序。近年来，随着高通量测序技术的发展，它已成为首选方法。尽管这两种方法都能提供大量信息，但在大规模应用时可能并不具备经济优势，尤其是在处理结构极为复杂的病毒群体时。在这里，我们介绍了一种基于Illumina的扩增子测序方法，并结合了快速诊断的分析流程，通过更低的成本实现高通量测序的质量筛选。我们所设计的多重引物检测方法能够识别Nepovirus foliumflabelli（又称Grapevine fanleaf virus，GFLV）的多种基因组RNA（RNA1和RNA2），可检测到这种双部分结构的病毒中甚至占比低于2%的稀有变异体。除了用于诊断之外，该方法还可用于分析不同葡萄园中的GFLV病毒群体，同时有助于在法国培育具有交叉抗性的葡萄植株。