基于图书馆的多元策略，通过交联技术绘制蛋白质相互作用网络

《BMC Biotechnology》：Library-based, multiplexed strategy for mapping protein interaction networks via crosslinking

　　

摘要

背景

蛋白质-蛋白质相互作用是细胞功能的基础，但在天然生物环境中确定这些相互作用的界面及其动态行为仍然具有挑战性，尤其是对于那些较弱或短暂的相互作用。基于非传统氨基酸的交联策略为捕捉此类相互作用提供了有效方法；然而，传统的单点引入方式覆盖范围有限，可能会忽略一些关键的相互作用热点。

结果

通过使用突变体文库，可以在一次实验中同时筛选目标蛋白的多个相互作用伙伴和交联位点，而无需事先了解其精确的结构或功能特征，从而能够对其相互作用网络进行有效且无偏见的分析。在本研究中，我们构建了PSMD10的琥珀色密码子扫描突变体文库，使得光交联型非传统氨基酸对-叠氮苯丙氨酸能够独立地引入到多个不同的残基上。这种方法使我们能够系统地研究并精确绘制出蛋白质表面的潜在相互作用区域。结合交联质谱技术，我们识别出了参与分子间相互作用的多个残基，以及此前未被报道过的相互作用伙伴，包括T2FA、TBA1C和ATRIP。

结论

这些发现加深了我们对PSMD10相关蛋白酶体相互作用网络的理解，展示了一种能够广泛覆盖、原位绘制蛋白质相互作用界面的多重策略，同时也为开发针对蛋白质-蛋白质相互作用的治疗药物提供了宝贵的平台。