摘要
地方性人类冠状病毒是导致呼吸道感染的重要病原体，但目前撒哈拉以南非洲地区的基因组数据仍十分有限。我们分析了2022年至2024年间通过科特迪瓦国家流感监测网络收集的13,530份鼻咽样本，旨在了解当地人类冠状病毒的流行情况及其基因组多样性。其中52份RT-qPCR检测呈阳性且Ct值≤28的样本被选用于采用Twist Bioscience呼吸病毒研究试剂盒进行靶向杂交捕获测序。共有28份样本完成了基因组恢复分析，包括HCoV-NL63（n = 9）、HCoV-229E（n = 8）、HCoV-OC43（n = 9）和HCoV-HKU1（n = 2）。在整个研究期间，这些地方性人类冠状病毒持续存在，不同种类在时间分布上存在差异，且在雨季月份检测频率较高。最终分析数据中未发现多种地方性人类冠状病毒同时存在的现象。不同种类的病毒基因组恢复程度存在差异，HCoV-OC43和HCoV-NL63的测序覆盖范围更广且更为一致，而HCoV-229E和HCoV-HKU1的覆盖情况则较差。系统发育分析显示，所有检测到的HCoV-229E基因组都属于L6基因型，所有HCoV-HKU1基因组都属于A基因型，而HCoV-OC43和HCoV-NL63则分布于多种基因型中。据我们所知，这些研究结果首次提供了科特迪瓦当地人类冠状病毒的基因组数据，也为将靶向杂交捕获测序方法纳入常规呼吸道病毒基因组监测工作中提供了依据，展现了该方法的可行性及进一步应用前景。
