一种快速且经济高效的等位基因特异性PCR检测方法的开发，该方法针对18S rRNA基因，可用于区分牛和水牛中的肉孢子虫种类，同时还能对伊朗牛群中形成大囊体的肉孢子虫种类进行系统发育分析

《Tropical Animal Health and Production》：Development of a rapid and cost-effective Allele-Specific PCR assay targeting the 18S rRNA gene for differential detection of Sarcocystis species in Cattle and Water Buffalo, and phylogenetic analysis of macrocyst-forming species in cattle in Iran

　　

摘要

Sarcocystis属物种在牛类中间宿主体内极为常见，带来了严重的兽医及经济问题。最常见的损失是由于肉眼可见的囊泡或与BEM（牛嗜酸性肌炎）相关的病变而导致的受感染尸体被拒收。先前的研究指出，牛和水牛体内的Sarcocystis物种之间存在一些相似性。在相关宿主体内区分形态或基因上相似的物种仍是一个重要的诊断难题。目前大多数区分方法要么复杂要么昂贵。此外，仅通过PCR扩增产物的Sanger测序并不适合混合感染情况下的物种鉴定。尽管28SrDNA、ITS或cox1等不同基因位点被广泛用于系统发育分析，但18S rRNA基因因其保守区和变异区而仍是一种可靠的标记物。因此，本研究旨在基于18S rRNA基因内的多态性位点，开发一种快速且经济高效的等位基因特异性PCR（AS-PCR）方法，用于区分牛和水牛中的不同物种。根据特定位置的SNP（单核苷酸多态性）差异设计了特异性引物。这些SNP是通过比对GenBank中收录的65个分离株以及12种已知的牛和水牛Sarcocystis物种的克隆的18S rRNA基因序列来确定的。该方法使用一个正向引物和两个反向引物，能够清晰地区分牛和水牛中形成大囊泡的物种。值得注意的是，这种AS-PCR无需测序即可将形成大囊泡的物种与至少8种形成微囊泡的物种区分开来。该检测方法成功区分了各自宿主体内的和。有趣的是，在某些牛样本中也检测到了与高度相似的序列。系统发育分析显示，该分离株与聚类在一起，但属于不同的分支，因此被认定为类似的物种。这是伊朗首次有关于牛体内此类分离株的分子学报道。

图形摘要

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