小鼠大脑单细胞及单核图谱中的簇可重复性

《Nature Communications》：Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain

　　

摘要

单细胞RNA测序技术提升了我们对细胞异质性的理解。为确保不同研究中识别出的细胞群具有可重复性，对于判断其生物学稳定性而言至关重要。我们研究了两个大型小鼠大脑图谱中识别出的细胞群的可重复性，其中一个图谱是基于单细胞RNA测序生成的，另一个则是基于单个细胞核数据。这两个图谱均对400多万个细胞进行了分析，并将它们分为5,000多个细胞群。通过全转录组范围的邻居投票方法，我们找到了2,009对在空间定位上一致且基因表达协调的相互匹配的细胞群对，这类匹配也在多种物种的数据集中被观察到。这些相互匹配的细胞群多存在于小脑中，因为小脑的多样性较低，有利于保持可重复性；而下丘脑的高异质性则限制了这种匹配性。区分相近的细胞群要比区分某个细胞群与其他大多数细胞群困难得多，尤其是使用标记基因时。通过纳入可重复性数据，我们为研究这些图谱中定义的细胞群及其生物学意义提供了更坚实的基础。