自动化原位微流控随机测序技术，用于多种FFPE样本的高质量单核RNA及空间整体RNA分析

《Nature Communications》：Automated in situ microfluidic Random-seq for robust single-nucleus and spatial total RNA profiling of diverse FFPE specimens

　　

摘要

经福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本在临床病理评估中不可或缺，但普遍存在的核酸降解问题严重阻碍了高通量分子分析的开展。目前针对这类样本的RNA测序和原位杂交方法在不同组织类型及保存条件下的检测效果差异较大，难以实现标准化的自动化转录组分析。在此，我们提出了一种原位微流控随机测序平台——imRandom-seq，该平台能够对FFPE样本进行整体转录组分析、单核转录组分析以及空间转录组分析。通过特制的随机引物实现高效转录本捕获与全转录组分析，单核imRandom-seq在基因检测能力、核丢失率以及细胞类型注释的准确性方面均优于传统的snRNA-seq和基于探针的10X Flex技术。该原位微流控分析流程已在酶活性高且RNA碎片化的复杂样本中得到验证，具有操作简单、适配多种组织类型以及数据质量稳定等优点，为FFPE样本的转录组研究提供了可靠且可扩展的分析工具。