FISH+是一种即用型近距标记方法，可用于同时实现RNA的可视化与与RNA相互作用的蛋白质的鉴定

《Communications Biology》：FISH+ is a ready-to-use proximity labeling method for simultaneous RNA visualization and RNA-interacting protein identification

　　

摘要

传统的邻近生物素化方法需要复杂的基因工程操作或繁琐的纯化步骤。在此，我们介绍了一种即用型的RNA邻近标记方法——FISH+，该方法利用过氧化物酶与RNA靶标结合，从而实现固定细胞中的原位邻近生物素化。该技术能够同时可视化RNA分子并识别与其相互作用的蛋白质。通过这一方法，我们观察到了45S和NEAT1 RNA，并检测到与其邻近的蛋白质，证明了该技术可同时实现RNA可视化与邻近蛋白质的识别。通过针对PNCTR（每个细胞约36个拷贝）进行检测，我们观察到了明显明亮的RNA点，这些亮点代表了RNA及其邻近蛋白质在原位的共同生物素化信号，显示出FISH+技术在提升RNA可视化能力方面的潜力。我们进一步将FISH+方法用于研究XIST相互作用蛋白，发现有多种已报道的相互作用蛋白表达显著增加，如SPEN、CIZ1和RBM15。通过定量质谱分析，我们证实FISH+方法能够准确识别人类细胞核中已知的RNA-蛋白质相互作用。总体而言，通过将RNA荧光原位杂交技术与邻近生物素化相结合，我们建立了一种可用于观察和捕获RNA的点状标记方法。该方法为分析固定且未经基因改造的样本中的以RNA为中心的相互作用提供了额外的空间信息。