利用Visium HD技术对成人和儿童人类肝脏进行高分辨率空间转录组分析

《Scientific Data》：High-resolution spatial transcriptomics of adult and pediatric human liver with Visium HD

　　

摘要

肝脏由多种细胞群体构成，这些细胞群体共同承担着重要的代谢和免疫功能。单细胞转录组学技术提升了对肝脏细胞组成的了解，但将组织分解为单个细胞的过程中可能会因为某些细胞类型的富集或减少而引入偏差。空间转录组学则是一种互补的方法，它能够避免这类固有偏差，并提供重要的空间信息。10X Genomics公司的Visium HD空间转录组学技术可实现组织样本中基因表达的高分辨率空间定位，其分辨率可达2微米，从而能够以亚细胞水平对转录本进行定量分析。我们将该技术应用于三份健康的人类肝脏样本，其中两份来自成人，一份来自儿童。通过将对8微米大小的区域进行聚类，并结合单细胞参考图谱，我们识别出了不同的细胞类型。差异表达分析揭示了具有空间特异性的基因表达模式，进而构建出了肝脏的高分辨率分布图。这一资源为研究人员提供了关于肝脏细胞及解剖结构异质性的细胞层面和空间层面的详细信息，有助于他们发现与疾病相关的空间特征以及新的治疗靶点。