ScQCenrich可实现单细胞RNA测序的多指标质量控制

《Communications Biology》：ScQCenrich enables multi-metric quality control for single-cell RNA sequencing

　　

摘要

单细胞RNA测序极易受到细胞解离、部分裂解以及核质比例失衡的影响，但目前的质量控制仍往往依赖线粒体RNA、基因计数和UMI的固定阈值。在此，我们提出了scQCenrich这一可解释的多指标质量控制框架，用于细胞分群后的全细胞单细胞RNA测序分析，该框架结合了传统指标、内含子比例、MALAT1富集度、细胞解离相关特征，以及可选的剪接信息。在小鼠大脑、小鼠心脏和肺癌数据集中，与传统的及基于模型的对比方法相比，scQCenrich能减少过度过滤的情况，同时仍能保留结构完整的神经元、红细胞、心肌细胞和恶性细胞群体。在高质量的外周血单核细胞数据中，该方法的判断依然较为保守。自动生成的报告将质量控制结果与簇级指标、标志基因及功能富集情况联系起来。因此，scQCenrich为全细胞单细胞RNA测序分析中的质量控制决策提供了透明且可重复的框架。