Vardetector：一个基于纯Python的软件包，用于检测比对后的RNA序列中的DNA突变

《Scientific Reports》：Vardetector: a pure Python package to detect DNA called mutations in aligned RNA reads

　　

摘要

我们开发了一个免费提供的Python软件包Vardetector（https://github.com/julijselb/vardetector/tree/main/vardetector），用于检测比对后的RNA序列中的DNA突变。我们通过将其与行业标准的变异调用工具（GATK HaplotypeCaller；r?=?0.88896/0.88859（支持读段/所有读段））进行比较来对其性能进行评估，并通过对比两种用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤样本的RNA-seq文库制备方案来展示该工具的功能。一种方案基于外显子捕获技术，另一种则基于核糖体耗竭技术。我们选取了两位非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和正常样本中的DNA突变，通过量化所有RNA读段（所有读段）以及与DNA突变相关的体细胞突变支持读段（支持读段），来检测这两种方案的区别。结果表明，核糖体耗竭方案在目标突变位置产生的所有读段数量（p?＜?0.001）和支持读段数量（p?＜?0.001）均显著更高。此外，核糖体耗竭方案在体细胞突变位置覆盖范围上也更为广泛（p?＜?0.001）。Vardetector软件包及我们的研究结果表明，这一方法在优化新抗原优先级筛选流程方面具有潜在的应用价值。