源自肉鸡膝关节的滑液支原体CQTL01菌株的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of Mycoplasmopsis synoviae strain CQTL01 derived from the knee joint of a broiler

　　

摘要

我们公布了从肉鸡膝关节中分离得到的Mycoplasmopsis synoviae CQTL01菌株的完整基因组。该基因组长度为790,691 bp，GC含量为28.39%。NCBI PGAP v6.11分析显示其中含有670个蛋白质编码基因。

通告

Mycoplasmopsis synoviae是一种体积极小、生长条件苛刻且没有细胞壁的致病细菌，会给家禽产业带来巨大的经济损失（1）。这种病原体会引发肉鸡的急性或慢性感染性滑膜炎、气囊炎以及生长迟缓。在商业蛋鸡中，其导致的临床问题包括产蛋量和孵化率下降，以及蛋壳顶端的异常（2）。CQTL01菌株于2022年3月19日从中国重庆市铜梁区的某个肉鸡养殖场中分离出来（3）。

从患感染性滑膜炎的肉鸡膝关节中取出样本，用70%（体积比）的乙醇对其进行表面消毒。然后将炎症渗出物接种到KM2完全培养基中（3），在37°C下培养直至颜色发生变化。经过四轮传代后，将培养物涂布在KM2琼脂平板上，继续在37°C下培养，直到通过光学显微镜观察到菌落形成。选取典型的煎蛋形状菌落，进一步在KM2完全培养基中繁殖。在基因组测序之前，根据NY/T 4035-2021标准通过qPCR对该分离株进行了鉴定（4）。使用TIANamp细菌DNA试剂盒（TIANGEN公司，中国）提取基因组DNA，并通过凝胶电泳和分光光度法检测其质量。

为了在DNBSEQ平台上进行测序，首先使用Covaris仪器将1 μg的DNA随机打断，再利用Agencourt AMPure XP-Medium试剂盒筛选出300–400 bp大小的片段，最后使用MGIEasy Universal DNA Library Prep Set（MGI-Shenzhen公司，中国）构建单链环状DNA文库。合格的文库在BGISEQ-500测序仪上进行测序，得到2×150 bp长度的配对末端读段（5）。共生成了1.314 Gb的原始数据（8,764,210条读段）；使用SOAPnuke v1.5.5软件（6）去除了含有≥40%低质量碱基（Q ≤ 20）、≥40% Ns、接头污染以及重复读段的读段，最终保留了1.291 Gb的优质数据，对应的覆盖度约为1,632倍。

在PacBio平台上，首先使用g-TUBE将DNA切割成10–15 kb的长度，然后利用SMRTbell Template Prep Kit v1.0（Pacific Biosciences公司）将DNA片段的末端连接起来，形成哑铃状结构。长度小于1 kb的PacBio子读段被舍弃。PacBio测序共得到了1,272,083个经过过滤的子读段，总长度为12,598,473,444 bp（平均长度：9,903 bp；N50：10,491 bp；N90：6,853 bp；最大长度：238,823 bp），覆盖度约为15,932倍。子读段校正和基因组组装分别使用Canu v1.5软件（参数：estn = 24, npruseGrid = 0, corOvlMemory = 4）和Falcon v0.3.0软件（参数：-v -dal8 -t32 -h60 -e.96 -l500 -s100 -H3000）完成，最终选择了最优的基因组组装结果（7，8）。随后使用GATK v3.4-0-g7e26428软件（参数：-cluster 2 -window 5 -stand_call_conf 50 -stand_emit_conf 10.0 -dcov 200 MQ0 ≥ 4）结合DNBSEQ数据对基因组进行单碱基错误校正（9），最后使用Circlator v1.5.5软件将基因组环化（10）。基因组注释则采用NCBI原核生物基因组注释工具包（PGAP）v6.11版本完成（11）。

CQTL01菌株的基因组长度为790,691 bp，GC含量为28.39%。通过NCBI PGAP v6.11进行的基因组注释显示，其中含有670个蛋白质编码基因、44个RNA基因以及18个假基因。这些RNA基因包括34种tRNA、7种rRNA和3种ncRNA。

致谢

本研究得到了拉萨市科技计划项目（LSKJ202412）的资助。