PlasmiDB：一种开源且可定制的数据库，用于多用户、多项目的植物分子生物学实验室中的质粒生命周期管理

《Plant Methods》：PlasmiDB: an open-source and customizable database for plasmid lifecycle management in multi-user, multi-project plant molecular biology laboratories

　　

摘要

背景

植物生物学中的功能基因组学依赖于通过多种克隆策略生成、重复使用以及长期管理大量质粒。随着这些质粒集合在更多用户和项目中的使用，实验室在组织管理、溯源以及保存构建历史方面面临着越来越大的挑战。现有的克隆和序列设计软件虽然能够辅助质粒设计，但无法实现实验室范围内的协作式质粒管理。

结果

我们开发了PlasmiDB，这是一种开源的基于网络的数据库，用于多用户研究环境中的质粒集合管理。PlasmiDB能够对质粒的元数据进行结构化存储，清晰追踪质粒的来源与演变过程，并在整个质粒生命周期内实现可溯源，包括实验室间的质粒交换情况。该系统采用基于项目的访问控制机制，同时支持涉及工作人员、学生以及核心设施的协作工作流程。PlasmiDB基于标准的LAMP架构构建，可通过Docker部署，其设计具有高度的可扩展性，无需修改核心数据库结构。此外，它还设有基因模块，可将遗传目标与相关的质粒、引物及CRISPR试剂关联起来，从而提升分子构建与实验目标之间的一致性。在我们的实验室中，PlasmiDB目前已管理了近700种质粒，还能通过自动生成声明文件来简化报告工作。

结论

PlasmiDB为植物分子生物学实验室提供了溯源功能、协作支持以及长期的数据管理能力，从而弥补了现有克隆工具的不足。其源代码和Docker镜像均已公开提供。