从沿海海水中分离得到的Litorivicinus marinus IMCC2782T菌株的完整基因组序列

《BMC Genomic Data》：Complete genome sequence of Litorivicinus marinus strain IMCC2782T isolated from coastal seawater

　　

摘要

研究目的

Litorivicinus属的细菌属于海洋异养细菌，但其基因组数据极为有限，这限制了我们对它们分类多样性、代谢能力及生态作用的了解。目前该属仅有两种经过正式描述的物种，其中只有模式种Litorivicinus lipolyticus有基因组数据。本文我们公布了从韩国黄海表层海水中分离得到的Litorivicinus marinus IMCC2782?菌株的完整基因组序列，旨在揭示其基因组特征与代谢潜力。

数据描述

IMCC2782?菌株的基因组是通过结合短读长（Illumina）和长读长（PacBio）技术的方法进行测序的。测序结果得到一个长度为2,204,001碱基对的环状染色体，G+C含量为56.07%。基因组注释结果显示存在2,196个蛋白质编码序列、6个rRNA基因、41个tRNA基因以及1个tmRNA基因。功能分析表明该菌具有完整的中央碳代谢途径，包括Embden–Meyerhof–Parnas途径、三羧酸循环和氧化磷酸化作用，符合好氧化能异养生物的特征。此外，该菌还拥有完整的soxXYZABCD基因簇，说明它具备硫代硫酸盐氧化的能力，但未检测到与反硝化代谢相关的途径。这一基因组序列丰富了Litorivicinus属现有的有限基因组资源，也为未来开展相关生态学和功能研究奠定了基础。