基于网络的整合转录组分析揭示了头颈鳞状细胞癌中EOMES和SPRYD3的免疫调节作用及致癌特征

《BMC Cancer》：Network-based integrative transcriptomic analysis reveals immune-regulatory and oncogenic signatures of EOMES and SPRYD3 in head and neck squamous cell carcinoma

　　

摘要

背景

头颈鳞状细胞癌具有显著的异质性，这种异质性既由肿瘤自身的生物学特性决定，也受免疫环境的影响。然而，上皮细胞增殖与免疫活性之间的关系尚未完全明确。

方法

我们结合了HNSCC队列（GSE83519和TCGA-HNSC）的批量转录组分析数据以及OSCC队列（GSE172577）的单细胞RNA测序数据，以识别与肿瘤进展相关的基因程序。通过共表达网络分析确定与肿瘤相关的模块，随后通过生存分析和实验验证来评估候选基因。此外，还对OSCC队列进行了单细胞分析，并利用CopyKAT技术识别上皮细胞，从而确定不同细胞类型的特异性表达模式。

结果

EOMES和SPRYD3被确定为与不同生物学程序相关的潜在预后标志物。单细胞分析显示，SPRYD3在非整倍体上皮细胞中表达较高，而EOMES则主要存在于细胞毒性淋巴细胞中。SPRYD3高表达的肿瘤上皮细胞表现出细胞周期和DNA复制通路的活跃，同时免疫相关信号通路则较为减弱。相反，EOMES的表达与干扰素反应及T细胞效应功能相关。实验验证表明，SPRYD3在肿瘤组织中的表达水平较高，而EOMES则在OSCC组织中呈现较低的表达趋势。

结论

SPRYD3和EOMES代表了与HNSCC中上皮细胞增殖及免疫活性相关的不同转录程序。这些发现为理解肿瘤与免疫系统之间的相互作用提供了理论框架，同时也凸显了EOMES和SPRYD3在HNSCC中的潜在预后意义及生物学重要性。