人畜共患利什曼病的媒介——有害嗜血按蚊的高质量染色体级基因组组装

《Scientific Data》：High quality Chromosome-scale Genome Assembly of Phlebotomus perniciosus, a Vector of Zoonotic Leishmaniasis

　　

摘要

Phlebotomus perniciosus是西地中海地区的重要沙蝇，也是导致人类和犬类内脏利什曼病的Leishmania infantum的主要传播媒介。该物种还能传播包括托斯卡纳病毒在内的沙蝇病毒，这类病毒与脑膜炎和脑炎有关。尽管其重要性不言而喻，但目前关于P. perniciosus的基因组资源仍然有限，仅有质量较低的基因组组装结果。高质量的参考基因组对于研究与其传播能力、宿主偏好以及对抗控制措施的响应相关的特性至关重要。在此，我们利用牛津纳米孔长读长测序技术，构建了一个高质量的全新基因组组装版本。我们采用了Canu和Flye两种组装策略进行测试，其中带有引导的Canu组装效果最佳，最终得到了大小为143 Mb的基因组，其支架N50值为48 Mb，BUSCO完整性达95%。通过RNA-seq和蛋白质同源性分析，共预测出12,492个基因（BUSCO完整性为96%），还有24%为重复序列。完整的线粒体基因组也已被成功组装。这一完善的基因组为研究该沙蝇的生物学特性及适应能力奠定了基础，同时丰富了沙蝇类的基因组资源，有助于提升利什曼病的监测与防控水平。