可移动元素通过细胞类型特异性的表观基因组关联影响人类的调控机制

《Nature Communications》：Transposable elements impact the human regulatory landscape through cell type specific epigenomic associations

　　

摘要

可移动元件（TEs）是能够在基因组中复制自身的DNA序列。研究表明，这些元件可作为顺式调控因子，并被整合到人类基因组中。因此，它们的影响可能源于与表观基因组的关系。然而，目前还缺乏将不同人类细胞类型中的可移动元件与染色质组蛋白标记相关联的系统分析。在此，我们利用国际人类表观基因组联盟提供的数据集，该数据集包含47种细胞类型中6种组蛋白标记的4867个经过统一处理的ChIP-seq实验结果，发现可移动元件在不同组蛋白标记上的富集程度存在显著差异。总体而言，可移动元件在大多数情况下含量较低，但在某些特定环境中会有富集现象，例如在H3K9me3组蛋白标记下的L1序列。值得注意的是，我们发现了456组具有强烈细胞类型特异性富集特征的细胞类型-组蛋白-可移动元件三元组，并且发现其中许多三元组与特定的生物过程相关。