《Poultry Science》：An integrated genetic approach prioritizes closely linked candidate genes underlying an open-field behavior QTL on chicken chromosome 1
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Aoi Ido|Takayuki Ochiai|Momoe Terashima|Akira Ishikawa日本名古屋市464-8601，名古屋大学生物农业科学研究生院摘要尽管在鸡的基因组中已经发现了许多与复杂经济和行为特征相关的QTL，但这些QTL背后的具体功能变异仍不甚清楚。
Aoi Ido|Takayuki Ochiai|Momoe Terashima|Akira Ishikawa
日本名古屋市464-8601，名古屋大学生物农业科学研究生院
摘要
尽管在鸡的基因组中已经发现了许多与复杂经济和行为特征相关的QTL，但这些QTL背后的具体功能变异仍不甚清楚。我们之前在由具有攻击性行为的日本本地鸡种Oh-Shamo（OSM）与性格温顺的白来航T系（WL-T）杂交得到的F2群体中，发现了与野外行为（OF）相关的QTL区域，位于鸡的1号染色体上。在本研究中，我们采用整合遗传学方法，结合QTL重定位、转录组分析、单倍型频率分析以及关联分析，试图确定该OF QTL的候选基因。利用该QTL影响的4种OF行为对应的第一个主成分（PC1）得分在F2群体中进行QTL重定位分析后，得到了复杂的对数比值比（LOD）谱图，最终确定出一个95%置信区间（CI），其范围约为23 Mb，包含297个基因。通过对PC1得分极端的F2个体进行RNA测序，再利用逆转录定量PCR技术在亲本群体和F1群体中验证基因表达情况，将候选基因数量从297个减少到13个。随后的单倍型频率分析和相关性分析表明，G2期和S期表达蛋白1（GTSE1）是1号染色体上该OF QTL区域最可能的候选基因，而IQ结构域蛋白（IQUB）和线粒体内膜肽酶亚基2（IMMP2L）则是其他候选基因。此外，多元回归分析显示，这3个遗传上相互关联的基因与OF行为的变化有关。这些研究结果证明了整合遗传学方法在识别具有复杂LOD谱图的广泛QTL区域内的紧密关联候选基因方面的有效性，同时也为了解鸡的OF行为遗传结构提供了新的见解。
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