运用基于家族的遗传随机场方法识别与阻塞性先天性心脏缺陷相关的基因：全国出生缺陷预防研究的结果

《Human Genetics and Genomics Advances》：Identifying Genes Associated with Obstructive Congenital Heart Defects Using a Family-Based Genetic Random Field Method: Results from the National Birth Defects Prevention Study

　　

Manyan Huang|Nianjun Liu|Stephanie M. Ware|John S. Witte|Bruce D. Gelb|Wendy N. Nembhard|Martha Werler|Meredith M. Howley|Lorenzo Botto|A.J. Agopian|Omobola O. Oluwafemi|Mary M. Jenkins|Lynn M. Almli|Andy Olshan|Paul A. Romitti|Gary Shaw|Ming Li

美国印第安纳州布卢明顿市印第安纳大学布卢明顿分校流行病学与生物统计学系，邮编47405

摘要

先天性心脏病是较为常见的重大先天性疾病，也是因出生缺陷导致的婴儿死亡的主要原因。尽管在识别与先天性心脏病相关的单核苷酸变异方面已取得显著进展，但其遗传病因仍大部分未知。虽然许多研究集中在常见变异上，但目前也有努力在寻找对先天性心脏病发展具有不同影响的罕见变异。我们采用了基于家族的遗传随机场方法，分析从国家出生缺陷预防研究中收集的颊细胞DNA样本，这些样本来自1,123个病例家族和1,481个对照家族。我们之前已经证明，在存在疾病异质性的情况下，该方法能够识别与疾病结果相关的罕见遗传变异。在本研究中，我们对24,270个基因进行了关联分析，经过多重检验的Bonferroni校正后，发现SLC44A2与阻塞性先天性心脏病风险存在显著关联，这是我们在分析中观察到的最有力的信号；而其他与基因相位相关的发现则需进一步验证。随后的基因集富集分析表明，该基因可能在与先天性心脏病发展相关的生物学途径中起作用。我们的研究是对现有先天性心脏病风险全基因组关联研究的补充，为了解这些出生缺陷的遗传病因提供了更多线索。