中国中部地区人乳头瘤病毒39型E6和E7基因的遗传变异

《Virology Journal》：Genetic variation of human papillomavirus type 39 E6 and E7 genes in central China

　　

摘要

背景

高危人乳头瘤病毒（HR-HPV）的持续感染是导致宫颈癌发生的关键因素。39型人乳头瘤病毒（HPV-39）感染在中国中部较为常见，但该地区HPV-39的基因变异数据仍十分有限。

方法

为研究中国中部HPV-39 E6和E7基因的基因变异，首先通过HPV基因分型筛选出仅感染HPV-39的样本，再进行扩增。随后利用聚合酶链反应（PCR）扩增E6和E7基因，再通过Sanger测序获取序列，最后对这些序列进行变异分析、系统发育分析、选择压力分析以及T细胞表位分析。

结果

E6和E7序列中共发现了33种单核苷酸变异，其中包括13种同义突变和20种非同义突变，其中6种为新的非同义突变。基于HPV-39 E6和E7序列的系统发育分析显示，大部分序列（56/71）与A亚型序列相似。在HPV-39 E6和E7基因中均未检测到正选择位点。E6序列中的预测T细胞表位受到H5Y、P7S、T19R、Q26H、E46D、A87G、L102S和L151P位置上的非保守替换影响，而E7序列中的预测T细胞表位则受到L8V、D14H、D14E、H50Q、D57E、R87Q、Q88E、Q88D、L89V、Q91K和F93C位置上的替换影响。在HPV-39 E6序列中还发现了一个位于70–78位残基之间的预测T细胞表位候选序列KFYAKIREL，该表位受HLA-C*06:02限制。

结论

本研究描述了中国中部HPV-39 E6和E7基因的基因变异情况，提供了该地区HPV-39序列多样性的分子流行病学数据。这些发现的序列变异有望为未来研究HPV-39的进化机制以及其与宿主免疫系统的相互作用提供帮助。