通过多层拷贝数分析方法鉴定日本纯种马中一种新的慢灰STX17谱系

《Biochemical Genetics》：Identification of a Novel Slow-Gray STX17 Lineage in Japanese Thoroughbreds via a Multi-tiered Copy Number Analysis Workflow

　　

摘要

马匹的灰色毛色是一种显性表型，其形成原因是syntaxin 17基因（STX17）第6内含子中约4.6千碱基对的串联三倍体结构。该重复片段的拷贝数变异会影响马匹变灰的速度。罕见的G2等位基因（CNV=2）导致的变灰速度比常见的G3等位基因（CNV=3）更慢，而且与黑色素瘤风险也有关。目前的检测方法存在局限：长距离精确PCR（LA-PCR）只能检测是否存在重复序列，而滴式数字PCR（ddPCR）则无法准确区分某些基因型，如G3/g和G2/G2。我们设计了一种分步检测流程：首先通过针对重复序列连接点的多重实时PCR进行快速筛选，判断马匹是否为灰色；其次用ddPCR测定拷贝数；最后对拷贝数不确定的样本用LA-PCR进行最终基因型鉴定。通过实时PCR，我们对4596匹2至7岁的日本纯种马进行了检测，其中4374匹被归类为非灰色，222匹为灰色。根据年龄和毛色特征，我们挑选了23匹疑似慢变灰的马匹，再用ddPCR进行分析，结果其中1匹被判定为G2/g，22匹被判定为G3/g或G2/G2。LA-PCR在所有22个样本中都检测到了来自g等位基因的条带，证实它们属于G3/g基因型。家系分析表明，G2等位基因是通过母系传递的，且这一家系与此前报道的日本慢变灰马群不同。这种检测流程能够有效区分非灰色、普通灰色和慢变灰三种基因型，有助于监测日本纯种马群体中的罕见G2等位基因。

图形摘要