整合蛋白质组分析揭示了神经炎症过程中的协同差异表达特征

《Acta Neuropathologica Communications》：Integrated proteogenomic profiling reveals coordinated differential expression signatures during neuroinflammation

　　

摘要

背景

实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）是研究自身免疫性神经炎症的重要模型，但目前仍缺乏对中枢神经系统转录组和蛋白质组紊乱的全面分析。

方法

在本研究中，我们通过对患有EAE的小鼠在急性发病期的脊髓进行深入的蛋白质组学分析，结合了RNA测序（GEO，GSE330115）和LC–MS/MS技术（PRIDE，PXD078146）。

结果

我们发现先天性和适应性免疫反应相关基因的表达显著上升，与此同时，神经元、突触及线粒体相关通路的表达则出现下降。尽管先前的研究在神经炎症模型方面存在差异，但通过对基因产物水平的log?倍数变化及通路富集度分析，发现两者之间存在高度一致性（R_p?=?0.867，p?＜?2.2?×?10?1?，95%置信区间[0.859, 0.874]）。突触和代谢功能的丧失主要体现在蛋白质水平上，而仅依靠转录组分析则无法准确反映这些结构缺陷。在病理分析中，除了中枢神经系统内驻细胞的炎症变化外，那些在健康中枢神经系统中通常不存在的标志物也表明，免疫细胞浸润以及中枢神经系统内驻胶质细胞的促炎表型变化，才是导致EAE中非中枢神经系统相关蛋白质水平变化的主要原因，而非被动性的血浆渗漏。

结论

这一综合数据集揭示了神经炎症过程中多层面的协同分子重塑，有助于更准确地理解小鼠发炎中枢神经组织中生物标志物的来源机制。