全基因组分析揭示了日本野猪和琉球野猪的系统发育历史

《BMC Ecology and Evolution》：Whole-genome analyses reveal the phylogenetic history of Japanese and Ryukyu wild boars

　　

摘要

背景

野猪（Sus scrofa）的祖先种群分化为东欧亚系和西欧亚系，其中东欧亚系进一步扩散到了日本列岛。在该列岛上存在两个亚种：日本野猪（JWB，Sus scrofa leucomystax）和琉球野猪（RWB，Sus scrofa riukiuanus），二者在形态和栖息地方面存在差异。迄今为止，那些来源已知的日本野猪和琉球野猪个体的全基因组尚未被测序，因此它们与其他种群的遗传关系尚不清楚。在本研究中，我们对来自本州（栃木、爱知和京都）、四国（德岛）以及九州（佐贺）的日本野猪个体进行了全基因组重测序，每个地区各选取一个个体。此外，我们还对来自冲绳岛和石垣岛的两只琉球野猪个体进行了重测序。

结果

我们通过分析这些基因组来阐明日本野猪、琉球野猪以及Sus属其他谱系之间的遗传关系。基于全基因组序列的系统发育分析表明，日本野猪和琉球野猪各自在同一个单系群内形成了独立的支系，而这个支系又与俄罗斯东部和中国北部的野猪属于姐妹群关系。主成分分析进一步证实了二者之间的遗传差异。综合这些结果表明，日本野猪和琉球野猪属于独立的野猪谱系，很可能是由于在日本列岛内的隔离而分化出来的。此外，f4统计值也显示了日本野猪与俄罗斯东部/中国北部的野猪之间存在基因流。

结论

总体而言，我们的研究结果表明，日本野猪和琉球野猪是通过在日本列岛内的扩散和隔离而从东亚野猪中分化出来的。