首次完成的猫头鹰蛾（双生亚纲：猫头鹰蛾科）线粒体基因组序列显示存在六个串联重复的含trnE序列单元，为猫头鹰蛾科并非单系群提供了线粒体证据

《BMC Genomics》：The first complete mitochondrial genome of Strigea falconis (Digenea: Strigeidae) reveals six tandemly repeated trnE-containing units and provides mt evidence for the non-monophyly of the family Strigeidae

　　

摘要

背景

双口目各物种之间的系统发育关系至今仍存在争议，因为线粒体基因组和核基因组数据往往得出相互矛盾的结论。一个主要限制是，模式属Strigea的线粒体基因组仅有少数可获取，这阻碍了对Strigeidae科及双口目单系性的准确判断。

结果

S. falconis的线粒体基因组首次被完整测序，该基因组为环形分子，长度为16,872 bp，包含典型的36个线粒体基因以及六个重复的tRNA-Glu基因。值得注意的是，在新组装的基因组中存在七个相同且连续的串联重复单元，每个单元由169 bp的非编码区域和一个trnE基因组成。基于12种蛋白质的预测氨基酸序列进行的系统发育分析表明，S. falconis与Apharyngostrigea pipientis属于同一分支。关键的是，Strigeidae科并未被认定为单系群。相反，该科中的两个物种Cardiocephaloides medioconiger和Cotylurus marcogliesei与双口目的代表物种聚类在一起，这些线粒体证据表明在当前的采样条件下Strigeidae科属于并系群。

结论

S. falconis的新测序线粒体基因组揭示了在现有双口目线粒体基因组中从未报道过的六次重复的含trnE的串联重复结构。基于线粒体蛋白编码基因的系统发育分析进一步提供了证据，表明在当前的分类单元采样条件下，Strigeidae科并非单系群。然而，由于线粒体基因组代表了一个单一的母系遗传连锁群，因此需要更广泛的分类单元采样、独立的核基因组系统发育数据以及详细的敏感性分析，才能确认这些关系并为正式的系统修订提供依据。