基于全基因组序列的比较基因组学分析揭示了EnteroBase中肠炎沙门氏菌亚种肠炎血清型1型噬菌体株和4型噬菌体株的初步基因组特征

《BMC Microbiology》：Whole genome sequence-based comparative genomics reveals preliminary genomic features of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis phage type 1 and phage type 4 strains from EnteroBase

　　

摘要

背景

全基因组测序技术能够对现存及新出现的细菌菌株进行详细分析。尽管多年来已获取了数以万计的沙门氏菌基因组，但针对不同噬菌体类型菌株之间的基因组差异的研究却相对较少。

结果

我们利用生物信息学工具以及智利PT1菌株的纳米孔测序数据，对比了数据库中存在的两种肠炎沙门氏菌噬菌体类型，即1型和4型。比较结果显示这两种噬菌体类型的基因组差异极小，序列相似度很高。单核苷酸多态性分析发现了每种噬菌体类型特有的SNP。虽然在本研究分析的智利PT1菌株中与PT4菌株的基因组相比存在一个转位区域，但在其他PT1菌株的基因组中并未发现这一特征，这表明可能是该菌株特有的局部重排现象。进一步分析显示CRISPR-Cas基因座没有差异，但在Gifsy-2前噬菌体检测及DNA修饰系统方面，PT1菌株和PT4菌株之间存在细微差别。

结论

我们的研究结果有助于了解两种不同噬菌体类型的肠炎沙门氏菌菌株之间的基因组差异，为未来的基因组研究提供了基础。不过，还需要在更多不同地理位置、更长时间跨度内开展进一步分析，以验证这些差异，并有望建立分子标记，用于在无法使用全基因组测序技术时，作为其补充，在流行病学监测中实现菌株的鉴定与特征分析。