样本质量决定了全面癌症基因组分析中可用的基因组信息特征

《npj Genomic Medicine》：Specimen quality shapes the actionable genomic landscape in comprehensive cancer genomic profiling

　　

摘要

全面基因组分析被广泛用于识别可干预的基因变异，为精准肿瘤治疗提供指导，但仅有少数接受检测的患者能获得与其基因组匹配的疗法，这凸显出基因组检测结果与临床疗效之间的差距。我们推测，这种差距可能部分源于不同质量样本以及不同检测方法所生成的基因组信息的可靠性和可解释性存在差异。为验证这一可能性，我们对2019年至2025年间日本13家机构开展的2002项全面基因组分析进行了回顾性多中心分析。比较了被判定为合格（F1-pass）或符合标准（F1-qual）的FoundationOne CDx检测样本与基于液体的全面基因组分析（liq-CGP）在检测短变异、拷贝数改变、结构变异以及包括微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷和同源重组缺陷特征在内的基因组标志物方面的表现。在F1-qual样本中，短变异的检测能力基本保持不变，而拷贝数改变和基因组标志物的检测能力则显著下降。在胰腺腺癌病例中，F1-pass样本中有93%、F1-qual样本中有88%、liq-CGP样本中有57%检测出了KRAS变异。这些差异影响了能够获得基因组匹配疗法的患者比例。机器学习模型通过曲线下面积值0.72–0.78实现了对检测质量的预测。我们的研究结果支持在常规精准肿瘤治疗中采用考虑检测质量的选择策略。