《Ticks and Tick-borne Diseases》：Qualitative profiling of the gut-specific chlamydial population in Ixodes ricinus ticks
编辑推荐：
衣原体门（Chlamydiota）的成员是专性细胞内细菌，在包括蜱在内的多种节肢动物宿主中日益被认识到。在这项研究中，研究人员调查了Ixodes ricinus蜱中衣原体的多样性和分布，以及它们与莱姆病螺旋体（Lyme borreliosis spiroche
衣原体门（Chlamydiota）的成员是专性细胞内细菌，在包括蜱在内的多种节肢动物宿主中日益被认识到。在这项研究中，研究人员调查了Ixodes ricinus蜱中衣原体的多样性和分布，以及它们与莱姆病螺旋体（Lyme borreliosis spirochetes）的潜在关联。从奥地利维也纳的三个休闲地点共采集了250只寻求寄主的若虫和雌性I. ricinus蜱。使用针对16S rRNA基因（16S rRNA）的泛衣原体门PCR（pan-Chlamydiota PCR）检测方法筛查单个蜱肠道中的衣原体，随后进行测序以进行分类鉴定。通过特异性定量PCR（qPCR）定量了伯氏疏螺旋体狭义群（Borrelia burgdorferi sensu lato B. burgdorferi s.l.）的存在和丰度，以评估潜在的共现模式。在来自所有调查区域的蜱中检测到了衣原体门DNA，其流行率因地理和发育阶段而异。系统发育分析揭示了肠道微生物组内高度的衣原体多样性，主要包括宏基因组家族MCF-D的成员，其次是Parachlamydiaceae、Endochlamydiaceae和Parasimkaniaceae。还观察到衣原体门与疏螺旋体（Borrelia）之间存在正相关，但未达到统计学显著性。这些发现表明，I. ricinus肠道微生物组含有多样化的衣原体群落，提示潜在的生态和功能相关性。总体而言，研究强调了组织特异性、单蜱分析对于阐明微生物组复杂性以及推进对蜱媒介中衣原体门多样性的当前理解的重要性。需要进一步的实验和多组学研究来阐明这些细菌在蜱生理学和病原体感染动态中的生物学作用。
**研究背景、问题与目的**
衣原体门（Chlamydiota）是专性细胞内细菌，传统上仅包括少量人类和动物病原体，如沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis）等。近年来，分子技术揭示了其远超预期的多样性，广泛存在于原生生物、节肢动物和脊椎动物中。蜱作为重要媒介，已被报道携带多种衣原体，但对其组织特异性（尤其是肠道）的群落结构了解有限。现有研究多采用全蜱或混合样本提取DNA，掩盖了空间异质性和个体差异；同时，通用引物对衣原体16S rRNA基因（16S rRNA）存在错配，导致扩增效率低下。因此，本研究旨在表征单个Ixodes ricinus蜱肠道特异性衣原体的多样性和系统发育关系，并评估其与莱姆病病原体（Borrelia burgdorferi sensu lato, B. burgdorferi s.l.）的潜在关联。论文发表在《Ticks and Tick-borne Diseases》。
**主要关键技术与方法**
研究人员从奥地利维也纳三个休闲地点（Lainzer Tiergarten、Prater、Steinhofgründe）采集了250只若虫和雌性I. ricinus蜱。解剖获取肠道，提取基因组DNA。采用泛衣原体门定量PCR（pan-Chlamydiota qPCR）检测衣原体16S rRNA基因（207-215 bp片段），阳性样本进行Sanger测序。同时，针对B. burgdorferi s.l.的flaB基因进行qPCR定量，并以蜱线粒体16S rRNA基因（16S rRNA）为内参归一化。系统发育分析基于16S rRNA基因序列，使用IQ-TREE构建最大似然参考树，并用EPA-ng将蜱源序列添加到树中。统计使用Mann-Whitney U检验比较组间差异。
**研究结果**
**3.1 衣原体在若虫和雌性I. ricinus蜱中的流行率和多样性**
通过pCh-qPCR筛查，250只蜱中73只阳性，总体流行率29.2%。地点间差异显著：Lainzer Tiergarten最高（45.2%），Prater（21.3%）和Steinhofgründe（20.9%）较低。若虫流行率（33.1%）高于雌性（22.2%）。系统发育分析显示，序列主要属于宏基因组衣原体家族MCF-D（54.5%），其次为Parachlamydiaceae（20.5%）、未分类衣原体门（15.9%）、Endochlamydiaceae（6.8%）和Parasimkaniaceae（2.3%）。由于扩增片段较短，分类分辨率仅限于科水平。随机20个阳性样本的常规PCR仅最低Ct值样本成功扩增，表明多数样本细菌载量低于常规检测限。该样本的较长扩增子序列在重叠区域存在核苷酸变异，导致不同的系统发育聚类。
**3.2 衣原体与疏螺旋体病原体的共现模式**
所有样本的B. burgdorferi s.l.检测显示总体流行率24.4%，地点间差异为16.0%至29.7%。共感染分析显示正相关趋势，但未达到统计学显著性（优势比1.12，95% CI 0.611-2.064，p=0.707）。衣原体阳性蜱中疏螺旋体的相对丰度高于阴性蜱，但差异不显著。
**讨论与结论**
讨论指出，本研究的流行率与欧洲其他地区一致，支持I. ricinus作为衣原体媒介/储库。地理和发育阶段差异提示局部生态因素（如脊椎动物宿主组成、栖息地结构）影响。发现三个新谱系（MCF-D、Endochlamydiaceae、Parasimkaniaceae）扩展了已知多样性。MCF-D主要来自水生和土壤环境，其在蜱中出现提示环境连接。未检测到Rhabdochlamydiaceae，支持组织特异性嗜性。序列重叠峰表明混合感染，不同引物产物的核苷酸多态性提示同一蜱内存在遗传变异的衣原体。与Borrelia的正相关趋势不显著，但可能受复杂微生物组影响，需进一步实验研究。结论翻译：总之，该研究表明，I. ricinus蜱含有多样且丰富的环境衣原体群落，以未充分表征的谱系为主，并受地理、发育阶段和生态背景的影响。这些发现拓宽了我们对蜱相关微生物多样性的理解，并提出了关于衣原体在蜱中的生物学、传播途径和功能作用的重要问题。未来的研究需结合培养努力、显微镜、多组学方法和实验感染模型，以确定这些细胞内细菌在蜱生理学和蜱传病原体动态中的作用。
